Défendu par le président Yoweri Museveni qui dirige l'Ouganda d'une main de fer depuis 1986, ce programme rencontre l'opposition de défenseurs de l'environnement, qui estiment qu'il menace le fragile écosystème et les populations de la région. HRW affirme:
Les défenseurs de l'environnement (...) sont régulièrement confrontés à des arrestations arbitraires, au harcèlement et aux menaces.
Parmi les 31 personnes interrogées par l'ONG, John Kaheero Mugisa, ancien président d'une association militant pour une juste compensation des personnes déplacées, affirme avoir été arrêté à plusieurs reprises et avoir vu sa santé se détériorer après sept mois en détention.
Il affirme qu'à son retour, il a été détenu et interrogé pendant des heures à l'aéroport par des agents du gouvernement, qui lui ont lancé:
Vous n'êtes plus censé témoigner en France. Si vous y retournez, vous perdrez la vie.
L'ONG s'est également entretenue avec des étudiants arrêtés lors de manifestations contre le projet dans la capitale Kampala.
TotalEnergies assure que les personnes déplacées par le projet ont été équitablement indemnisées et que des mesures de protection de l'environnement ont été prises.