Le mouvement de grève d'une journée a débuté mercredi soir et devait durer jusqu'à jeudi 18 heures (17H00 GMT).
Des voyageurs interrogés par l'AFP sur un quai de gare à Berlin réagissaient le plus souvent avec colère ou incompréhension.
Le GDL représente environ 10.000 salariés dans ses négociations avec la Deutsche Bahn, dont les conducteurs mais aussi les agents travaillant dans les trains.