L'ancien général, âgé de 73 ans, effectuera cette visite d'État de vendredi à dimanche, a indiqué dans un communiqué Hua Chunying, une porte-parole du ministère chinois des Affaires étrangères.
Sa visite en Chine intervient après que l'Indonésie et la Russie ont entamé lundi leurs premiers exercices navals conjoints.
Pékin et Jakarta sont de proches partenaires économiques qui entretiennent de bonnes relations. Elles sont toutefois parasitées par un différend en mer de Chine méridionale.
Au nom de raisons historiques, la Chine revendique l'essentiel des îlots et récifs de la mer de Chine méridionale. Les fonds marins de cette mer contiendraient par ailleurs d'énormes gisements de pétrole et de gaz inexploités.
Le ministère indonésien des Affaires étrangères n'avait pas répondu dans l'immédiat à une demande de commentaire de l'AFP sur la visite en Chine de Prabowo Subianto.
Il doit en outre aller aux Etats-Unis et au Royaume-Uni, a rapporté le mois dernier le journal Kompas, citant des sources du palais présidentiel.
Après sa victoire électorale en février, Prabowo Subianto a profité de la période de transition de huit mois à la tête de l'Etat pour visiter une dizaine de pays, dont la Chine.
Jakarta a longtemps privilégié une politique étrangère neutre, refusant de prendre clairement parti dans la guerre entre la Russie et l'Ukraine ou de choisir entre la Chine et les Etats-Unis, deux grandes puissances rivales.