La présence à El Facher (sud-ouest du Soudan) d'une rébellion zaghawa dirigée par Ousman Dillo, le frère cadet de l'opposant tchadien Yaya Dillo Djérou tué par l'armée tchadienne au printemps, est le principal sujet d'inquiétude de N'Djamena.
En février 2008, une rébellion de l'ethnie tchadienne zaghawa basée au Soudan avait lancé une offensive éclair au Tchad avec d’autres groupes, contraignant l'ancien président Idriss Déby Itno (1990-2021) à se réfugier dans son palais présidentiel avant de réussir à repousser les rebelles avec le soutien décisif de Paris.
A sa mort, son fils Mahamat Idriss Déby avait été proclamé par l'armée président de transition à la tête d'une junte de 15 généraux en 2021. Il a été élu chef de l’État cette année.
Un de ces officiers, le général Mahamat Nour Abdelkerim, a changé de camp et a été reçu avec d'autres chefs rebelles ces derniers mois par les autorités soudanaises, selon Ahmat Yacoub, le président du Centre d’études pour le développement et la prévention de l’extrémisme.
Fin octobre, N'Djamena avait nié toute implication dans le conflit soudanais, en réponse à de nouvelles accusations sur son rôle actif dans des livraisons d'armes fournies par les Émirats arabes unis. Ce soutien aux paramilitaires des Forces de soutien rapide (FSR), qui combattent l'armée régulière soudanaise depuis avril 2023, a déjà été pointé par différents rapports - dont un de l'ONU en janvier 2024 -, mais le Tchad comme les Émirats ont toujours démenti toute implication.
Le conflit a également entraîné le déplacement de plus de 10 millions de personnes, soit un cinquième de la population du pays, dont plus de 3 millions dans les pays voisins, et créé l'une des pires crises humanitaires de mémoire récente, selon les Nations unies.