30 yıllık yayın hayatında Türkiye’nin demokrasi mücadelesindeki birçok kritik sürece şahitlik eden Yeni Şafak, Türk siyasetinin en önemli liderlerinden merhum Necmettin Erbakan’a verilen ömür boyu siyasi yasak kararında da vesayetin değil, milletin yanında durdu. 1971’de Milli Nizam Partisi’ni, 1981’de Milli Selamet Partisi’ni, ocak 1998’de Refah Partisi’ni kapatan vesayet hızını alamıyordu. 28 Şubat’ın ön ayak olduğu siyasi yasaklarla Türkiye demokraside lig düşmesi ile parti kapatmalarla yetinilmemiş siyasi yasaklar devreye sokulmuştu. Temmuz 2000’de daha önce partisi kapatılan eski Başbakan Prof. Dr. Necmettin Erbakan’a ömür boyu siyasi yasak getirildi. Bu kararı ‘Yassıada gibi” başlığıyla gündemine alan Yeni Şafak’ta eleştirdi.
Prof. Dr. Necmettin Erbakan, 5 Temmuz 2000 yılında ömür boyu siyaset yasağına çarptırıldı. Erbakan, 1994 yılında Bingöl’de yaptığı konuşmayla ilgili olarak Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi’nce, “halkı din, ırk ve bölge farklılığı gözeterek kin ve düşmanlığa tahrik ettiği” gerekçesiyle 10 Mart 2000’de bir yıl hapis cezasına çarptırılmıştı. Yargıtay Cumhuriyet Başsavcılığı da, 2 Haziran 2000 tarihinde, Erbakan’a verilen bu cezanın usul ve yasaya uygun olduğunu belirterek onanmasını istedi.
Yasağa gerekçe gösterilen 25 Şubat 1994 tarihli Bingöl konuşmasında Necmettin Erbakan şunları söylemişti: “Allah'ın izniyle çile devri bitti. Zulüm bitti, Türkiye'de Rusya'dan büyük devrim oldu. Nasıl Rusya'da komünizm çöktüyse, Türkiye'de de batı taklitçiliği gavur uşaklığı çöktü. Artık bu ülkede 12 parti yok. 2 tane parti var. Hak ve batıl. RP'nin dışındaki hepsi batıldır. Hepsi tek parti sayılır. Bunlar gavur uşağı. Bu ülkenin evlatlarına ne dediler? Dinini bir tarafa bırakacaksınız, arkamıza düşeceksiniz, ne din ne de dünya bıraktılar. Bu ülkenin evlatları asırlar boyu mektebe başlarken, besmeleyle başlar. Siz geldiniz, bu besmeleyi kaldırdınız. Ne koydunuz yerine, 'Türküm, doğruyum, çalışkanım.' Sen bunu söyleyince, öbür taraftan da Kürt kökenli bir Müslüman evladı, 'Ya öyle mi, ben de Kürtüm, daha doğruyum, daha çalışkanım' deme hakkını kazandı. O Meclis yarın inananların eline geçecek. Bütün bu haklar kan dökülmeden verilecek.”
6 Temmuz 2000’de Yeni Şafak gazetesi, Yargıtay’ın Erbakan için verdiği kararı “40 yıl önce Adnan Menderes ve arkadaşları mesnetsiz ve haksız kararlarla idam edilmişti. 40 yıl sonra Erbakan delilsiz ve haksız bir kararla ‘düşünce suçlusu’ olarak zindana gönderiliyor. Yassıada gibi. Hukuk utancı... Türkiye bir Başbakanı’nı sözlerinden dolayı hapse mahkum etti” manşeti ile 28 Şubat sürecine rağmen çekinmeden tutumunu net bir şekilde ortaya koymuştu.
7 Temmuz 2000 yılında Yeni Şafak “Erbakan’a verilen ceza AB’ye tehdit” manşetiyle karara tepki koydu. Dönemin Avrupa Konseyi Parlamenter Meclisi Başkanı Johnston, Erbakan hakkındaki kararın onanmasının Türkiye-Avrupa bütünleşmesine açıkça zarar verdiğini söyledi. Aynı nüshada Erbakan’ın “Bana verilen cezadan dolayı zerre kadar rahatsızlık duymuyorum. Ama Türkiye için üzülüyorum. Düşünce özgürlüğü Türkiye’nin meselesidir” sözleri ise başlıkta yer buldu. Takvimler 26 Temmuz’u gösterdiğinde ise Yeni Şafak “1 milyon Erbakan” manşetiyle Erbakan’a destek için aydınların 1 milyon imza toplayacağını anlatıyordu.