La Minusma, qui prévoyait de quitter ses camps à partir de la mi-octobre, a engagé ce désengagement sans attendre alors que la région est le théâtre d'une escalade militaire pour le contrôle du territoire.
Les appareils transportaient des soldats maliens et des membres de la société paramilitaire russe Wagner, ont-ils dit.
Le camp de la Minusma, occupé surtout par des Tchadiens, est situé à proximité de l'aéroport.
La Minusma doit quitter le pays d'ici au 31 décembre, et le départ de ses camps a exacerbé les rivalités pour le contrôle du nord du pays.
Les groupes séparatistes à dominante touareg ont repris les hostilités contre l'Etat central, et le Groupe GSIM affilié à Al-Qaïda a multiplié les attaques contre les positions militaires.
Mais l'évacuation des camps onusiens de la région de Kidal et celui de Kidal même, ville bastion des séparatistes, s'annonce comme la plus inflammable.
Les séparatistes s'opposent à ce que la Minusma remette les camps aux autorités maliennes, ce qui va à l'encontre selon eux des accords passés en 2014 et 2015 quand, après s'être soulevés en 2012, ils avaient accepté de cesser le feu et de faire la paix.
Kidal en particulier, contrôlée par la Coordination des mouvements de l'Azawad, alliance de groupes armés à dominante touareg, est un enjeu majeur, et son insoumission un vieux motif d'irritation à Bamako.
Un important convoi de l'armée est parti le 2 octobre de Gao en direction de Kidal.
La Minusma mène ces opérations d'envergure dans un contexte dangereux et compliqué. Elle est critiquée aussi bien par la CMA que par le régime militaire comme faisant le jeu de l'adversaire.
L'ONU avait prévenu samedi que la reprise des hostilités mais aussi les difficultés causées par la junte, comme le blocage de convois logistiques devant partir de Gao pour participer au retrait des camps du nord, risquaient de remettre en question le calendrier de départ des Casques bleus. La junte a résolument écarté une telle éventualité.
La Minusma s'est aussi heurtée à la non-délivrance d'autorisations de vol pour ses appareils.
En revanche, l'armée malienne a autorisé le vol d'appareils devant évacuer le contingent tchadien du 16 au 24 octobre, montre un document confidentiel consulté par l'AFP.