La victime, Rina Gonoi, 23 ans, avait dénoncé publiquement avoir été agressée par plusieurs collègues masculins l'an dernier, un an après avoir rejoint les Forces d'autodéfense terrestres.
Dans un pays où les accusations d'agression sexuelle se font rarement sur la place publique, Mme Gonoi avait remis en août au ministère de la Défense une pétition signée par plus de 100.000 personnes demandant une enquête indépendante sur les agressions la concernant, après l'abandon d'une première enquête judiciaire.
M. Gonoi demande un total de 7,5 millions de yens (53.000 euros) - 5,5 millions à ses agresseurs pour détresse mentale, et deux millions au gouvernement pour n'avoir pas empêché les agressions et n'avoir pas enquêté correctement.
L'affaire est également réexaminée par les procureurs qui envisagent d'éventuelles poursuites pénales après qu'elle a déposé une plainte concernant l'absence d'inculpation des hommes impliqués, ont déclaré ses avocats lundi.
L'armée avait reconnu en septembre que Mme Gonoi était régulièrement victime de harcèlement et d'agressions sexuels dans son unité et pendant les séances d'entraînement.
Son action a déclenché une centaine d'autres accusations de harcèlement sexuel et de brimades dans les Forces japonaises d'autodéfense, émanant de femmes et d'hommes, également remises au ministère en même temps que sa pétition.
Le Japon est depuis longtemps à la traîne par rapport aux autres pays industrialisés pour ce qui est de la présence des femmes dans les conseils d'administration et dans les hautes fonctions publiques. Les données gouvernementales montrent que seulement 4% des victimes de viols signalent le crime à la police.