Depuis la chute de l'URSS, les relations étaient régulièrement compliquées par des différends frontaliers au tracé complexe, ainsi que par la gestion des ressources hydriques, issue d'un système soviétique devenu obsolète.
Le dernier conflit meurtrier dans la région a fait une centaine de morts en septembre 2022 entre le Tadjikistan et le Kirghizstan.
Les cinq chefs d'État intensifient leurs rencontres, notamment pour résoudre les questions de frontières ou s'accorder sur le partage des ressources hydriques. Ils participent également à des formats de discussions appelés C5+1 avec des partenaires tels que la Russie, la Chine, l'Union européenne ou encore les États-Unis.