27 Nisan e-muhtırasının üzerinden 16 yıl geçti. 2007 yılının Nisan ayında TBMM tarafından gerçekleştirilecek Cumhurbaşkanlığı seçimi öncesinde TSK’nın internet sitesinden verdiği muhtıra, Türk demokrasi hayatında kara bir leke olarak yerini aldı. 27 Nisan akşamı saat 23.30’da Genelkurmay Başkanlığı’nın internet sitesine konulan bildiride, “Türkiye Cumhuriyeti devletinin, başta laiklik olmak üzere, temel değerlerinin aşındırılması için bitmez tükenmez gayret gösterildiği, hatta milli bayramlara alternatif kutlamalar yapıldığı” belirtiliyor, “Türk Silahlı Kuvvetleri, bu niteliklerin korunması için kendisine kanunlarla verilmiş olan açık görevleri eksiksiz yerine getirme konusundaki sarsılmaz kararlılığını muhafaza etmektedir ve bu kararlılığa olan bağlılığı ile inancı kesindir” deniliyordu.
Siyasi tarihe “27 Nisan e-muhtırası” olarak geçen bildiriye hükümetin verdiği sert yanıtla büyük bir kırılma yaşandı. Kabine üyeleri gece boyu buna nasıl bir yanıt verileceğini çalıştı. Hükümet 28 Nisan saat 15.00’te, “Başbakan’a bağlı bir kurum olan Genelkurmay Başkanlığı’nın herhangi bir konuda hükümete karşı bir ifade kullanması demokratik bir hukuk devletinde düşünülemez” açıklamasını yaptı.
CHP’nin başvurusu üzerine toplanan Anayasa Mahkemesi, 367 iddiasını kabul ederek birinci tur oylamayı iptal etti. 11. Cumhurbaşkanı seçilemedi, tüm partilerin desteğiyle erken seçim kararı alındı. Ayrıca Anayasa’da da değişikliklere gidildi. Cumhurbaşkanının halk tarafından seçilmesini öngören düzenlemenin de aralarında bulunduğu değişiklik kabul edildi.
TBMM’de tekrarlanacak Cumhurbaşkanlığı seçiminde bu kez MHP’nin oylamalara katılacağını belirtmesi, yeni bir 367 krizinin önüne geçti. Yeniden AK Parti’nin adayı olan Abdullah Gül, üçüncü turda 339 oyla Cumhurbaşkanı seçildi.
Muhtıra 29 Ağustos 2011’de Genelkurmay’ın internet sitesinden kaldırıldı. Dönemin Genelkurmay Başkanı Org. Yaşar Büyükanıt yıllar sonra 8 Kasım 2012’de TBMM Darbeleri ve Muhtıraları Araştırma Komisyonu’nda metni bizzat kendisinin kaleme aldığını açıklarken, bunun muhtıra değil “laiklik hassasiyetini ortaya koyan bir metin” olduğunu ileri sürecekti. E-muhtıradan 5 yıl sonra Büyükanıt hakkında soruşturma açıldı. Dosyanın tek şüphelisi olan Büyükanıt’ın 21 Kasım 2019’da hayatını kaybetmesinden sonra soruşturma kapatıldı.