"İç Körfez'de 13 istasyonda pH, çözünmüş oksijen, klorofil-a, bulanıklık, askıda katı madde, amonyum azotu, nitrat azotu, nitrit azotu, orto-fosfat fosforu ve reaktif silis analizleri yapılmıştır. Birçok istasyonda sınır değerlerin olumsuz yönde aşıldığı tespit edilmiştir. Örneğin, ilgili yönetmeliğe (SKKY EK-Tablo 4) göre, amonyum azotu konsantrasyonu sınır değer olan 0,02 mg/L'nin 12 katı kadar aşılmıştır, askıda katı madde miktarı sınır değerin (> 30 mg/L sınır değer) üzerindedir, yüzde 90 oksijen doygunluğu değerinden çok daha düşük oksijen konsantrasyonu (ortalama 2.0 µg/l:KÖTÜ) ve yine aynı kılavuzda İzmir Körfezi için belirlenen sınır değerlerinin (YAZ ayları:>4.29 µg/l:KÖTÜ, tüm dönemler>4.15 µg/l:KÖTÜ) oldukça üstünde seviyelere ulaştığı, ölçülen en yüksek değerlerin yaz dönemi sınır değerlerinin 50 katına ulaştığı gözlenmiştir. Mikrobiyolojik su kalitesinin tanımlanmasında indikatör olan Escherichia coli ölçümlerinde, İç Körfez'de alınan örneklerde bir istasyon hariç tüm numunelerde sınır değerin aşıldığı görülmüştür. Deniz tabanında yapılan biyolojik çalışmalarda, özellikle Karşıyaka ve Alsancak hattı arasındaki kıyı şeridinde, kirlilik indikatörü olarak bilinen Varicorbula gibba (Bivalvia) türüne ait bireylerin yoğunluğu dikkat çekmiş, ölü kabukların yaygın olduğu gözlemlenmiştir. İç kesimlerdeki kıyı hattında örneklenen (canlı) tür ve birey sayılarının bölgede daha önce yapılan çalışmalarla karşılaştırıldığında oldukça düşük olduğu saptanmıştır. Deniz tabanı sediman örneklerinde ise, daha çok kil ve çamurdan oluşan ince taneli sediman varlığı tespit edilmiş, bu örneklerde yüksek organik madde gözlenmiştir."