Gölcük Donanma Komutanlığı'nda ele geçirilen belgeler, 2003'te Balyoz Darbe Planı'nı hazırlayan yapılanmanın sonraki yıllarda da faaliyetini sürdürdüğünü ortaya koydu. Dönemin 1. Ordu Komutanı Org. Doğan'ın başını çektiği cunta, 2004'te TV dizilerini takibe alarak, Kurtlar Vadisi, Gizli Dünyalar, Kalp Gözü gibi dizileri izleyerek fişledi. Aynı yıl, Başbakan, Fethullah Gülen gibi önemli isimlerin faaliyetlerini dosyaladı. 2006'da bazı derneklere ajan yerleştirdi.
Gölcük Donanma Komutanlığı'nda ele geçirilen belgelerden 'Cem Gürdeniz 30 Kasım 2004 Asşura' isimli klasörlerde bulunan dokümanlar televizyonlarda yayınlanan bazı diziler hakkında Balyoz cuntasının inceleme yaparak takibe aldığını ortaya çıkardı. Belgeler 2003 Mart ayında 'Seminer' adı altında 1. Ordu'da tartışılan darbe planının daha sonraki yıllarda da canlı tutulduğunu ortaya koydu. Belgelere göre, 2004 yılında takibe alınan dizilerin yayınlanacağı tarih, saat, yapımcı, yönetmeni, sponsor firmaları ve içerik açıklamalarına kadar bilgileri tek tek yer aldı. Program ve diziler şöyle sıralandı: STV Sırlar Dünyası, Star TV Sırlara Yolculuk, Show TV Gizli Dünyalar ve Gizemli Hayat Hikayeleri, Kanal 7 Kalp Gözü, ATV Gerçeğin Ötesinde Efsaneleri ve İnanışları, TGRT 6'ncı His, Kanal 7 Deniz Feneri, STV Kimse Yok mu?, Show TV Ekmek Teknesi, Show TV Kurtlar Vadisi.
Aynı klasör içersinde 2004 yılında Balyoz Darbe Planı'na ait takiplerin devam ettiği donanmadan çıkan belgelerle gözler önüne serdi. 2004 yılında Fethullah Gülen hakkında gazetelerde çıkan röportaj ve yazılar bilgisayar çıktıları alınan belgeler arasında yer aldı. Aynı klasörden Başbakan Recep Tayyip Erdoğan'ın, 2004 yılında ABD-Irak, Yunan ilişkileri, Kıbrıs Annan Planı, Heybeliada Ruhban Okulu gazetelerde yapılan haberin takibe alındığını gösteren dokümanlar da çıktı. Belgeler arasında 2004 yılında Milli Güvenlik kararlarının bulunduğu toplantılarda tek tek yer aldı.
İstihbarat Güvenlik Şube Müdürlüğü'nden komutana yine 2006 Nisan ayında gönderilen yazıda özel haber elemanları ile bilgiler yer aldı. Yazıda, “Donanma Komutanlığı'nca; her türlü yıkıcı-bölücü faaliyetler ile terörist eylemlere karşı alınacak tedbirlere esas olacak istihbaratın elde edilmesi maksadıyla ilgi yönerge esaslarına uygun olarak Donanma Komutanlığı Özel Haber Elemanı olarak görevlendirilmesine ihtiyaç duyulmuştur. Konu ile ilgili refaranslı kişiler görevlendiriecektir” denildi.
PKK terör örgütünün eylemleri konusunda da ele geçen belgelerde 1 Mayıs ve terör örgütü ele başının doğum günlerinde yapılacak eylemlere destek verileceği bilgilerde dikkat çeken detaylara yer verildi. Yazıda şu ifadeler kullanıldı: “PKK Terör Örgütü ve örgüte müzahir kuruluşlar/şahıslarla irtibatta bulunan kişiler tarafından tanzim edilen raporlarda yer alan bilgiler müteakip maddelerde belirtilmiştir. Deniz Yarbay Nihat A. tarafından, garnizon bünyesindeki hazırlıklar ileri gelen esnaflarla birlikte incelenerek gerektiğinde eyleme yönelik provalar yaptırılabileceği, Ütğm. Müslüm A.tarafından, tesis ettiği irtibatları vasıtasıyla 1 Mayıs ve terör örgütü elebaşının doğum günü gibi günlerde bazı esnaflara ait işyerlerine yönelik eylemler yaptırılabileceği, Dz. Ütğm. Bülent A. tarafından, iltisaklı erlerin faaliyetleri yakından izlenerek, terhisleri sonrasında aileleri ile irtibatlar artırılabileceği, Bçvş. M.Ali K. bölgesi dahilinde müzahir sivilleri doktrine ederek birliğe yönelik sansasyonel eylem yaptırabileceği.”
Gölcük Donanma Komutanlığı'nda ele geçirilen belgeler, Balyoz Darbe Planı'nın TSK'nın rutin semine-rinden biri olduğu iddiasını yerle bir etti. Balyoz davası sanıklarının avukatlarına dağıtılan belgeler, iddianame delilleriyle örtüştü. Donanma'da ele geçirilen ancak eklerde yer almayan belgeler ise, Balyoz'un dönemin 1. Ordu Komutanı Orgeneral Çetin Doğan'ın liderliğinde hazırlanan bir darbe planı olduğunu tereddüde yer bırakmadan gözler önüne serdi. Yeni belgelerin ortaya koyduğu gerçekler şöyle:
Emekli Orgeneral Çetin Doğan'ın kızı Pınar Doğan ve damadı Dani Rodrik, hazırladıkları bir CD'deki dosyaları 2003 tarihinde üretilmiş gibi göstererek, Balyoz delillerinin sonradan oluşturulduğunu ileri sürdü. Ancak, sanıkların 'üretildi' dediği delillerin aynısı, Donanma'da da ele geçirildi. 2002-2003'te hazırlanan bazı Balyoz planlarının orijinalleri de yeni belgeler arasında yer aldı.
Balyoz sanıkları, en önemli delil olarak gösterilen 11 nolu CD'de bulunan bazı belgelerde, kurum adlarının 2003'teki isimleri ile değil, daha sonraki yıllarda değişen adlarıyla yer almasını delil üretme iddialarına kanıt olarak gösterdi. Sanıkların ortaya koyduğu en önemli itirazı, Donanma'da ele geçirilen ve kayıtların güncellendiğini gösteren yeni belge ve CD'ler çürüttü. 5 Şubat 2003'te Hava Pilot Binbaşı Namık Sevinç tarafından oluşturulan belgelerin 19 Şubat 2008'de güncellendiği tespit edildi. Balyoz kapsamında 2004 ve 2006 yıllarında hazırlanan kayıtlarda bulundu.
Yeni belgeler, Balyoz'un TSK'nın rutin plan seminerine uymadığını da kanıtladı. İlk kez Donanma'da ele geçirilen dönemin Deniz Kuvvetleri Komutanı Özden Örnek'in emir yazısında Balyoz'un eylem planlarından 'Suga'nın uygulanmasına karşı çıkacak komutanların tespit edi-lerek tutuklanması istendi. Belgelerde güvenilir subaylar tarafından tutuklanacak ya da yetkisi alınacak 16 amiralin ismi tek tek sıralandı. Bu durum, Balyoz'un TSK'nın rutin seminer planı olmadığını ortaya koydu.
Yeni ele geçirilen belgelerden Genel Sekreter Hava Pilot Kurmay Albay A. Bertan Nogaylaroğlu tarafından hazırlanan 2003 tarihli 2 sayfalık belge de Balyoz faaliyetlerinin TSK içinde bile gizli yürütüldüğünü ortaya koydu. Hava Kuvvetleri Komutanı Cumhur Asparuk ve komutana destek verebilecek personele karşı önlemlere yer verilen 12 maddelik belgede "Harp Akademileri K.lığında yapılan hazırlıkların öğrenilmesi durumunda çalışmaların jenerik Harp Oyunu'na yönelik hazırlıklar olduğu bildirilecek, bu konu ivedilikle özel kurye aracılığı ile Harp Akademileri Komutanı'na (İbrahim Fırtına kastediliyor) iletilecektir" denildi. Özden Örnek'in tutuklanacak komutanlara ilişkin emir yazısında da sızmalara karşı dikkatli olunması ve güvenilir subayların seçilmesi istendi.
Orgeneral Çetin Doğan'ın “1. Ordu'da rutin plan semineri olarak tartışıldı” dediği 2 Aralık 2002 tarihli Balyoz'deki tespitlerin 25 Aralık 2002 ve 3 Mart 2003 tarihli iki belgede de yer alması darbe planının uygulanmaya konduğunu gösterdi. 1. Ordu Komutanlığı'na bağlı ast birliklere gönderilen belgelerdeki ifadelerin, Doğan'ın seminer konuşmasıyla aynı içerikte olması da dikkat çekti.
Gölcük'te ele geçen 11 No'lu CD Agos gazetesi Genel Yayın Yönetmeni Hrant Dink'in öldürüldüğü tarihten beş yıl önce hedef listesine girdiğini gösterdi. Cunta sadece Dink'i değil, iki Ermeni gazeteciyi daha hedefe koymuş. Bolyoz Cuntası, YUMRUK operasyonuyla darbe karşıtı sağcı, KÜREK operasyonuyla da darbe karşıtı gazetecileri hedef almış.
