Anayasa Mahkemesi'nin AK Parti ile ilgili gerekçeli kararında birçok çelişki bulunuyor. Mahkeme, AK Parti'nin kurulmasından önceki eylem ve beyanları delil olarak kabul etmedi. Ancak Başbakan Erdoğan'ın 1994 yılında yaptığı konuşmayı delil olarak kabul etti. Anayasa Mahkemesi, Bülent Arınç başta olmak üzere TBMM kürsüsünden söylenen ve dokunulmazlık kapsamında olan sözleri bile delil olarak kabul etti. Mahkeme ayrıca, Başsavcı Yalçınkaya'nın internet arama motoru Google'den topladığı bilgileri delil olarak kabul etmedi.
Anayasa Mahkemesi, gerekçeli kararında TBMM kürsüsünden yapılan konuşmaları bile delil olarak kabul ederek Anayasa'nın 83. maddesinin ihlal etti. TBMM Başkanı Bülent Arınç'ın 23 Nisan'da TBMM kürsüsünden yaptığı ve mutlak dokunulmazlık kapsamında olan sözleri delil olarak kabul edildi.
Mahkeme, AK Parti'nin laiklik karşıtı eylemlerin odağı olmasına en büyük delil olarak ise başörtüsü konusundaki Anayasa değişikliğini, katsayı ve Kur'an Kursları'ndaki 15 yaş sınırının kaldırılmasına yönelik kanun değişikliklerini gösterdi. Anayasa Mahkemesi'nin, yasama yetkisini kullananan TBMM'nin bu yetkilerini kullanmasından dolayı AK Parti'nin 'laiklik karşıtı eylemleri odağı olduğu'na karar vermesi dikkat çekici bulundu.
Anayasa Mahkemesi kararında, "Davalı parti kurulmadan önce gerçekleşmiş eylemlerin partiye isnat edilmesi ve parti üyelerinin daha önce yargılamaya esas alınarak kapatılan bir siyasi partiye üyelikleri döneminde işledikleri eylemlerin mükerrer yargılamaya konu olması mümkün görülmemiştir" ifadelerine yer verildi. Ancak Mahkeme buna rağmen Erdoğan'ın 1994 yılında RP İstanbul İl Başkanı olarak yaptığı konuşmayı delil olarak kabul etti.
Anayasa Mahkemesi kararında Başsavcısı Yalçınkaya'nın AK Parti'nin kapatılması için sunduğu 400 delilden sadece 30'u delil olarak kabul edildi.
Mahkeme, Yalçınkaya'nın 'Google'den elde ettiği birçok delili de delil olarak kabul etmedi. Anayasa Mahkemesi'nin gerekçeli kararında delillerle ilgili olarak" bir kısmının yalnızca belirli bir yayın politikası olan gazete ve/veya internet sitelerinde yer aldığı, ya da eksik ve parçalı biçimde aktarılmış olduğu,bir kısmının vaki olmadığı ya da sübut bulmadığı" vurgulandı.
Adalet Bakanı Mehmet Ali Şahin, gerekçeli kararı "Anayasa Mahkemesinin bu kararında Türkiye'nin taraf olduğu uluslararası anlaşmaları dikkate aldığı anlaşılıyor. Zaten Anayasa'nın 90. maddesinin son fıkrası uluslararası hukukun dikkate alınması vecibesini yüklemektedir. Bu yaklaşımı da ben Türkiye'nin gittiği istikamet bakımından önemsediğimi ifade edebilirim. Yüksek Mahkemenin bu kararından herkes bir takım sonuçlar, hatta bir takım dersler çıkaracaktır. Biz parti olarak kuşkusuz ki bu kararı değerlendireceğiz" şeklinde konuştu.