AB 28 Şubat’ta en büyük darbeyi şüphesiz başörtüsü ve eğitim aldı. 18 maddelik Millî Güvenlik Kurulu bildirisinin üçü doğrudan doğruya eğitimi ve Milli Eğitim Bakanlığı’nı ilgilendiriyordu. Kız öğrenciler, başörtülü olduğu için okullara sokulmazken imam hatiplilerin önüne üniversite yolunda aşılmaz katsayı engelleri kondu. Milli Güvenlik Kurulu’nda alınan kararlarla 8 yıllık kesintisiz eğitime geçildi. 8 yıllık kesintisiz eğitim kararıyla imam-hatiplerin ortaokul kısmı kapandı. İmam hatiplerin kapatılması hevesi altında, tüm mesleki eğitim darbe almıştı.
1999 yılına gelindiğinde ise İmam Hatiplerin belini daha çok bükmek için meslek liselerine katsayı uygulaması getirildi. Sözde ‘ortaöğretim öğrencilerini, üniversitede kendi alanlarında ilerlemeye teşvik’ amacıyla getirilen uygulama binlerce öğrenciyi mağdur etti. Uygulamanın başladığı sene okullarda olan öğrenciler en çok mağdur olanlar oldu. Sonraki yıllarda da meslek liselerinden kaçış devam etti. Öğrenci sayıları düştü, akademik başarıları azaldı. Sanayi, tarım, turizm, eğitim ve daha birçok alanda, ara eleman sıkıntısı çekildi.
Medyayı elinde tutan, öğrencilere eğitim hakkının kısıtlayan, sahte şeyh ve tarikatlarla insanların bilinçaltına işleyen dönemin sembol isimlerinin rol adlığı 28 Şubat sürecinde en büyük hedeflerden biri de başörtüsüydü. 23 Şubat 1998 tarihinde zamanın İstanbul Üniversitesi Rektörü Kemal Alemdaroğlu başörtüsünü yasaklayan bir genelge yayımladı. Bu tarihte üniversitelerde eğitim gören binlerce başörtülü öğrenci eğitim görüyordu. Rektör Alemdaroğlu’nun genelgesi sonrası okula gelen bu öğrenciler güvenlik ekipleriyle karşı karşıya kaldılar ve “ikna odalarında” başlarını açmaya zorlandılar. Açmayanlar hakkında davalar açıldı. Kız öğrenciler giremedikleri üniversitelerin önlerinde aylarca eylem yaptılar. Polis çemberinde süren bu mücadele devlet tarafından hep kırılmak istendi. Tazyikli su ve coplarla yapılan müdahalelerde, karnındaki bebeğini düşüren genç annelerin feryadı bile dinlenmedi. Birçoğu okulunu bıraktı.
Sadece eğitimde değil kamuda da başörtüsü zulmü çok korkunç boyutlarda uygulandı. Birçok memur, işçi, asker, polis eşleri kapalı olduğu için işten atıldı. Başörtülü olduğu için, resmi kurumlara alınmayanlar, oğlunun düğününe katılamayan, asker ve polis anaları, babaları, kapalı eşini, askeri lojmana, arabasının bagajında taşıyanlar, hastanelere alınmayan başörtülü kadınlar 28 Şubat günlerinde sıkça karşılaşılan görüntülerden olmuştu.
Eğitim hakkı ellerinden alınan öğrencilere 2011 yılında AK Parti döneminde üniversiteye geri dönme hakkı tanındı, 2014 Eylül’de kılık kıyafet düzenlemesinin ardından 5’inci sınıftan itibaren başörtüsü hakkı geri verildi. Bu düzenleme tek eğitim alanıyla sınırlı kalmadı kamuda çalışan asker, polis, yargı, bütün çalışanlara başörtüsü takma hakkı verildi.