Yeni Şafak, 28 Şubat sürecinin, siyasete olduğu kadar ekonomiye de darbe niteliği taşıdığını, büyük çaplı vurgunların önünü açarak 2001 ekonomik krizine giden yoldaki taşları döşediğini net olarak teşhis etmişti. Yayınlarını da bu çerçevede yapan Yeni Şafak’a saldırılar gecikmedi. Cumhuriyet tarihinin en büyük hayali ihracat operasyonunu olan Örümcek operasyonunu bir yazı dizisi olarak yayınlayacağını duyuran gazetemize, 5 Ocak 2002’de darbe zamanlarında bile görülmeyen türden bir polis baskını yapılarak yayını durdurulmaya çalışıldı. Operasyonun bir numaralı sanığı Erol Maks Kohen’in ifadeleri, Yeni Şafak’ta “Cumhuriyet Tarihinin En Büyük Vurgunu: Örümcek Ağı” başlığı altında yayınlanacaktı. Ankara 1 No’lu DGM Yedek Hakimi, DGM Cumhuriyet Başsavcılığı’nın müracaatı üzerine 1 Ocak’ta dizi yazıyı durdurma kararı aldı.
Yeni Şafak yolsuzluk yazı dizisini yayınlamaktan vazgeçmeyeceğini gösteren duyurularına devam edince 5 Ocak Cumartesi günü 20 kadar polis memuru gazetenin Bayrampaşa’da bulunan binasına zırhlı araçlarla gelerek girişi kapattı. Polisler, ellerinde Cumhuriyet Savcılığı’ndan verilmiş bir arama izni olmadığı halde kapıdaki güvenlik görevlilerini tehdit ederek zorla içeri girdi. Gazeteye giriş-çıkışların yasak olduğunu bildiren polisler binaya adeta karakol kurarak yöneticilerin ikazlarına da aldırmayarak giren ve çıkanların üstlerini arayıp, kimlik kontrolü yaptılar. Binada arama yapan polisler, aradıkları kişileri bulamayınca bir tutanak tutarak ayrıldılar. Aynı akşam Yeni Şafak’ın sahibi Ahmet Albayrak, özel otomobiliyle seyir halindeyken Fatih’te yine aynı Organize Şube’ye ait polisler tarafından taciz edildi. Otomobilde arama yapmak isteyen polisler, uzun tartışmalardan sonra ayrıldılar.
Elinde arama izni bile olmayan polisleri baskına gönderen dönemin İstanbul Organize Suçlar Şube Müdürü Adil Serdar Saçan, daha sonra, operasyon emrini dönemin başbakan yardımcısı Mesut Yılmaz’ın verdiğini söylemişti. O dönem İçişleri Bakanı Rüştü Kâzım Yücelen, İstanbul Valisi ise Erol Çakır’dı. Yeni Şafak’taki ‘Örümcek Operasyonu’ haberlerinde “Birader de Örümcek’te” başlığıyla hayali ihracatın ağının içinde dönemin başbakan yardımcısı Mesut Yılmaz’ın kardeşi Turgut Yılmaz’ın da olduğu yazıyordu. Bağlantılar ve kimin ne için baskın ve işkence emrini verdiği açıkça ortada olsa da Yeni Şafak, ilkeli politikasından tek bir adım geri atmayarak ısrarla siyasi bağlantıları olsun olmasın, yolsuzlukların üzerine gitmeye devam etti.
Fikri takibini sürdüren Yeni Şafak, Başbakan Yardımcısı Mesut Yılmaz’ın kardeşi Turgut Yılmaz’ın, ifade verdiğini de vurgulayarak 8 Mart 2002’de “Siyasi Örümcek Sahipsiz” başlığıyla bir haber yaptı. Haberde, Türkiye Cumhuriyeti tarihinin en büyük hayali ihracat olayı ile ilgili açılan “Örümcek Ağı” davasının, “yetkisizlik” gerekçesiyle ortada kaldığı kaydedildi. Dosyanın, yetkili mahkemenin belirlenmesi için Yargıtay’a gönderildiği belirtilirken, baş sanık Erol Maks Kohen’in nerede yargılanacağına karar verilemediği duyuruldu.