Anadolu 4. Ağır Ceza Mahkemesi'ndeki duruşmaya başka suçtan hükümlü bulunan sanık Çetin Doğan, Ses ve Görüntülü Bilişim Sistemi (SEGBİS) aracılığıyla bağlandı. Duruşmada tutuksuz sanıklar İhsan Balabanlı, Behzat Balta, Mehmet Kaya Varol, Erdal Akyazan ile Emin Küçükkılıç ve avukatları hazır bulundu. Karar öncesinde son sözleri sorulan sanıklar beraatlarını talep etti.
Mahkeme, sanıkların seminer çalışmasında yönetimin devralınması, iktidar partisine mensup belediye başkanları, siyasetçiler ve bir kısım yöneticilerin tutuklanacağına yönelik konuşma içerikleri ve belgelerin bulunduğunu ifade ettikten sonra kararını açıkladı. Mahkeme heyeti sanıklar hakkında 'suç için anlaşmak' suçundan emekli Orgeneral Çetin Doğan'a 6 yıl 8 ay, emekli Tümgeneral Behzat Balta'ya 5 yıl 10 ay, emekli Tuğgeneral Mehmet Kaya Varol'a 5 yıl 5 ay, emekli Tümgeneral İhsan Balabanlı'ya 5 yıl 5 ay, emekli Kurmay Albay Erdal Akyazan'a 5 yıl, emekli Kurmay Albay Emin Küçükkılıç'a 5 yıl hapis cezası verilmesine hükmetti. Mahkeme ayrıca emekli Korgeneral Metin Yavuz Yalçın'ın vefat etmesi nedeniyle hakkında açılan kamu davasının düşmesine karar verdi.
Karara bir üye hakim şerh koydu. Üye hakim şerh gerekçesinde, “Suç için anlaşmak suçunun unsurlarının oluşmadığı, suçta ve cezada kanunilik evrensel ilkesi uyarınca, olay tarihi itibariyle yürürlükte olan mevzuat hükümlerine göre suçun unsurlarının her iki kanundaki düzenlemeler nazarında oluşmadığı, sanıkların olay tarihi itibariyle yürürlükte olan iç hizmet kanunu, sıkıyönetim kanunu, sıkıyönetim yönergesi, emasya protokolü ve diğer mevzuat gereğince söz konusu semineri düzenleyerek ve de seminer kapsamında sıkıyönetim planı dahil yargılamaya konu sunumları yaparak görevlerinin gereğini yerine getirmiş oldukları kanaatinde olduğumdan ve de dava zaman aşımı süresinin sanıkları lehine olduğu değerlendirilmesi bulunulmakla birlikte her iki kanun bakımından da dava zaman aşımı süreleri dolmadığı kanaatinde olduğumdan sayın çoğunluğun mahkumiyet kararına katılmadığıma, Yargıtay bozma ilamına direnilerek, sanıkların üzerlerine atılı suçlar bakımında yüklenen fiilin kanunda suç olarak tanımlanmamış olması nedeniyle beraatlerine karar verilmesi gerektiğine dair, gerekeli karar ile birlikte ayrıltılandırılmak üzere muhalefet şerhimdir" dedi.
Anayasa Mahkemesi'nin 'Hak ihlali' kararı vermesinin ardından yeniden görülen Balyoz Davası'nda 237 sanık beraat etmişti. Anadolu Cumhuriyet Başsavcılığı verilen beraat kararına 7 sanık yönünden itiraz etmişti. Başsavcılığın itirazında Çetin Doğan'ın plan seminerinde yaptığı konuşma içeriğinin mahiyeti itibariyle darbe yapmaya yönelik olduğunu, diğer 6 sanığın konuşmalarının da içerik itibariyle sanık Doğan'ın konuşmasıyla benzer içerikte olduğu iddia edildi. İtiraz üzerine Yargıtay 16. Ceza Dairesi, 7 sanık hakkındaki beraat kararını bozarak dosyayı yeniden yerel mahkemeye gönderdi. Yargıtay bozma gerekçesi olarak ise sanık eylemlerinin 'Teşebbüs aşamasına ulaşmayan hazırlık hareketleri kapsamında değerlendirileceğini' gösterdi. Seminer çalışmasındaki konuşma içerikleri, plan seminerinin hukuki dayanağı ile icra şekline ilişkin kurumsal belgeleri dikkate alan Yargıtay, sanıkların fikir birliği içerisinde gerçekleşen eylemlerinin "Suç için anlaşma" suçunu oluşturduğuna kanaat getirmişti.