'Silahlı terör örgütüne üye olmak' ve 'darbeye teşebbüs' suçlarından hakkında yakalama kararı bulunan Eryılmaz, bir süredir aranıyordu. Polis ekipleri, Manisa'nın Salihli ilçesinde akrabasının evinde gizlenen Eryılmaz'ı operasyonla yakaladı.
Ocak 2007'deki Hrant Dink cinayetiyle ilgili davaya, İstanbul 14. Ağır Ceza Mahkemesi'nin başkanı sıfatıyla bakan Rüstem Eryılmaz, saldırıdan 5 yıl sonra, Ocak 2012'de çok tartışılan bir karara imza atmış ve 'cinayetin arkasında örgüt bulamadığını' belirtmişti. Eryılmaz, davada sadece tetiği çeken Ogün Samast ile onu yönlendiren Yasin Hayal'i suçlu bulmuş, diğer tüm sanıkları tahliye etmişti. Eryılmaz'ın, cinayetin arkasındaki FETÖ izini gizlemek için böyle bir karar verdiği iddia edilmişti. HSYK atamasıyla son olarak Şanlıurfa'da 'hakim' sıfatıyla görev yapan Eryılmaz hakkında hem Şanlıurfa'da hem de Bakırköy'de mahkeme yakalama kararı vermişti.