15 Temmuz 2016’da gerçekleştirdiği darbe girişimiyle ihanette sınır tanımadığını gösteren Fetullahçı Terör Örgütü (FETÖ) Türkiye’nin karanlık dönemlerinde de sahnedeydi. Siyasi suikastların yaşandığı dönemlerde FETÖ’nün kamu kurumlarına sızdırdığı polisler, savcılar, askerler baş roldeydi. Darbe girişiminde yer aldığı gerekçesiyle tutuklanan veya yurt dışına firar eden FETÖ’cü hakim, savcı ve polis amirlerinin yürüttüğü dava ve soruşturmalarda birçok nokta karanlıkta bırakıldı.
İş adamı Özdemir Sabancı, 9 Ocak 1996’da terör örgütü DHKP-C militanları Fahriye Erdal, İsmail Akkol ve Mustafa Duyar tarafından organize edilen suikastle öldürüldü. Sabancı suikastı dosyasına bakan isim ise FETÖ’nün altın savcılarından olan firari Muammer Akkaş’tı. Dosya Akkaş tarafından üç yıl boyunca ciddi bir işlem yapılmadan bekletildi.
Ergenekon davasının temelini oluşturan Danıştay saldırısı, FETÖ tarafından örtbas edildi. FETÖ elebaşı Fetullah Gülen’in yeğeni Kemalettin Gülen tarafından kışkırtılan Alparslan Arslan, 17 Mayıs 2006’da Danıştay’ı basarak bir üyeyi öldürdü, dördünü ise yaraladı. FETÖ’cü polis ve savcılar Alparslan Aslan’ın arkasındaki gücü sakladığı gibi, hedefe koydukları isimleri dosyaya dahil etmek için de sanıkla baskı uyguladı.
FETÖ’nün Türkiye’yi sarsan en büyük cinayetlerinden biri de Agos Gazetesi Genel Yayın Yönetmeni Hrant Dink’in öldürülmesiydi. FETÖ’cü polis şefi Ramazan Akyürek’in Trabzon Emniyet Müdürü, Ali Fuat Yılmazer’in de İstanbul Emniyet Müdürlüğü İstihbarat Şube Müdürü olduğu dönemde; Dink’in öldürüleceğine yönelik istihbarat 11 ay boyunca gizlendi. FETÖ’cü polisler katil Ogün Samast’ı takip etti, ancak gözaltına aldırmadı. Akyürek; dosyanın sanıklarının takip edildiğine yönelik rapor ve evrakları yok etmeye dahi kalktı. Dink’in cinayetine yol veren Akyürek ve Yılmazer, FETÖ yöneticiliğinden tutuklandı. O dönem Trabzon’da görev yapan jandarma subay ve astsubayların yanı sıra davaya bakan hakimlerin çoğu da FETÖ üyesi çıktı.
8 Aralık 2002’de evinin önünde uğradığı silahlı saldırıyla hayatını kaybeden Necip Hablemitoğlu suikastının arkasından da FETÖ çıktı. Hablemitoğlu, ölümünden sonra yayımlanan ve FETÖ’yü deşifre eden ‘Köstebek’ isimli kitabını öldürülmeden önceki günlerde yazmıştı. Bir çok rapor evrak ve delilin kaybolduğu kovuşturmayı FETÖ’cü polis müdürü Yurt Atayün yürütmüştü. Suikasta ilişkin iddianamede, Fetullah Gülen, Mustafa Özcan, Aydın Köstem ve Enver Altaylı, Hablemitoğlu’nu tasarlayarak öldürmeye azmettirmekle suçlandı.
3 Eylül 2006 günü İsmailağa Cemaati’nin önde gelen isimlerinden Bayram Ali Öztürk, Fatih İsmailağa Camii’nde vaaz verirken Mustafa Erdal tarafından öldürüldü. FETÖ’nün “Dinler Arası Diyalog” projesine şiddetle karşı duran Öztürk’ün öldürülmesi olayının azmettiricileri ve failleri halen belirlenemedi. Dönemin FETÖ’cü savcıları ve polis müdürlerince cinayetin aydınlatılması engellendi.
BBP Genel Başkanı Muhsin Yazıcıoğlu’nun hayatını kaybettiği kaza ile ilgili soruşturmada da sis perdesi aralanamadı. Kazayı soruşturan bazı polis ve savcılar 15 Temmuz darbe girişiminde aktif rol aldı. Darbe girişimi akşamı Marmaris’te Cumhurbaşkanı Erdoğan’a suikast yapmak için FETÖ tarafından görevlendirilen askeri timdeki Davut Uçum ve Aydın Özsıcak’ın Yazıcıoğlu’nun düştüğü helikopterdeki kayıt cihazını çalan kişiler olduğu ortaya çıktı.
Rusya’nın Ankara Büyükelçisi Andrey Karlov, bir fotoğraf sergisinin açılışına katılmak için 19 Aralık 2016 Pazartesi akşamı Çankaya Belediyesi Çağdaş Sanatlar Merkezi’ne geldi. Karlov, saat 19.05’te açılış konuşmasını yaptığı sırada koruması gibi hareket edip arkasına geçen Altıntaş’ın Ankara Emniyet Müdürlüğü Çevik Kuvvet Şubesinde görevli polis memuru Mevlüt Mert Altıntaş tarafından silahla vurularak öldürüldü. Teslim olması için yapılan çağrılara ateşle karşılık veren Altıntaş, özel harekat polisleriyle girdiği çatışmada etkisiz hale getirildi. Soruşturma sonunda hazırlanan iddianamede FETÖ elebaşı Fetullah Gülen ve örgüt yöneticileri da sanıklar arasındaydı. İddianameye göre, FETÖ’cü katil Altıntaş’a, suikast için gereken bilgiyi, FETÖ’nün istihbarat yapılanmasında yer alan mahrem imam eski BTK çalışanı Şahin Söğüt sağladı. Suikasttan 10 gün önce Altıntaş ile Keçiören ilçesindeki evi yakınlarında görüşen Söğüt, saldırı talimatını iletti.
Gazeteci Haydar Meriç, FETÖ elebaşı Fetullah Gülen aleyhinde kitap yazacağını ve Gülen’in eşcinsel bir sapık olduğunu açıklamasından sonra kaçırıldı. 31 Mayıs 2011’de kaçırılan ve hakkında kayıp başvurusu yapılan Meriç’in cesedi 18 Haziran 2011’de Düzce’ye bağlı Akçakoca sahillerinde balıkçılar tarafından denizin 3 mil açığında elleri ve ayakları domuz bağlı şekilde bulundu. Haydar Meriç FETÖ’nün emniyet yapılanması tarafından düzmece bir raporla, sol terör örgütü mensubu olarak dinlemeye alındı ve daha sonra kaçırıldı. Olayla ilgili delilleri kararttığı nedeniyle FETÖ’cü 9 polis tutuklandı. FETÖ’cü polis ekibinin Haydar Meriç’in evine gizlice girerek eve dinleme cihazları yerleştirdiği bile tespit edildi. Meriç’in Fetullah Gülen hakkında yazdığı kitap hiçbir yerde bulunamadı.