15 Temmuz darbe girişiminin ardından başlatılan FETÖ/PDY soruşturması kapsamında BAKA Genel Sekreteri Mehmet Sırrı Özen ile birim başkanları K.D.D., M.M.V., A.G.B., Ö.M. ve L.P., 'anayasal düzeni ortadan kaldırmaya teşebbüs etmek' ve 'silahlı terör örgütüne üye olma' suçlarından tutuklandı. Aynı soruşturma kapsamında Denizli Vali Yardımcısı ve eski BAKA Genel Sekreteri Tuncay Engin de Denizli'de tutuklandı.
Soruşturma kapsamında savcılık ve mahkeme BAKA çalışanı İ.K.'nin tanrık olarak ifadesine başvurdu. İ.K.'nin ifadesinde; BAKA uzmanlarının katıldığı haftalık sohbet toplantılarında Fethullah Gülen'in vaazlarının dinlendiği, bu toplantılara katılanların kurum içinde aktif görevlere getirildiği, katılmayanların ise dışlandığı iddiası kayıtlara geçti.
Bazı çalışanlar arasında sohbet toplantıları yapıldığı, bunlarda terörist başı Fethullah Gülen'in vaazlarının dinlendiği, 2013 yılından sonra ise 11. Cumhurbaşkanı Abdullah Gül ile 2013 yılında Başbakanlık görevini yürüten Recep Tayyip Erdoğan'ın sağlık problemleri nedeniyle kısa ömürlerinin kaldığının anlatıldığı ifadelere yansıdı.