Sakınan hakkındaki iddiaların başında ise 'dosyayı 2,5 yıl UYAP'a kaydetmemek', 'soruşturmanın en önemli delili niteliğindeki soru kitapçıklarının imha edilmesi talimatını vermek' ve 'Adalet Bakanlığı'nı henüz bir suçlunun ve örgütsel yapılanmanın tespit edilemediği yönünde yazı göndererek yanıltmak' geliyor.
HSYK müfettişlerinin hakkındaki iddiaları araştırdığı Şadan Sakınan hakkında bir şikayet de soruşturmanın şimdiki savcısından geldi. Savcı Yücel Erkman, 4 yıl KPSS dosyasına bakan, ancak bir arpa boyu bile yol alamayan Sakınan hakkında HSYK'ya suç duyurusunda bulundu. KPSS hırsızlığının en önemli delili durumundaki soru kitapçıklarını önce ÖSYM deposuna gönderen, aradan 2 yıl geçtikten sonra ise kitapçıkların imhasına onay veren Sakınan'ı HSYK'ya şikayet eden yeni savcı Erkman, Sakınan'ın birçok şüpheli işlemine de dikkat çekti.
KPSS dosyasına baktığı dönemde eski Ankara Cumhuriyet Başsavcıvekili Şadan Sakınan, iddialarla ilgili olarak, çalınan soruların dağıtımının gerçekleştiği Turgut Özal Düşünce ve Hamle Derneği'nde 'göstermelik' bir arama yaptırmıştı. Dosyanın yeni savcısı Yücel Erkman, bu aramalara katılan şüpheli polis memuru Öner Güven'in, sözkonusu baskından bir gün önce dernek yöneticilerinden Mehmet Hanefi Sözen'i aradığına dikkat çekti. Üstelik dernekte aynı gün, KPSS hırsızlığının dijital delillerini barındıran bilgisayarların kalıcı şekilde formatlandığını, bilgilerin silindiğini hatırlatan Erkman, Sakınan'ı bu örtbas işlemlerine ilişkin suçladı. Erkman, bilgisayarlara format atıldığını gösteren TÜBİTAK raporunu da şikayet dilekçesine ekledi. Erkman'ın dikkat çektiği KPSS hırsızlığının kilit isimlerinden Mehmet Hanefi Sözen, soruları dağıtan Berat Koşucu ile birlikte yurtdışına kaçmıştı.
Yücel Erkman, suç duyurusunda, Sakınan'a 'örgüt üyeliği' veya 'örgüte bilerek isteyerek yardım etme' suçlamalarından hangisinin yöneltileceğini ise HSYK'nın takdirine sundu. Fetullah Gülen'in 1 numaralı şüpheli ve örgüt lideri olarak gösterildiği KPSS soruşturmasında eski savcı Sakınan'ın, Fetullahçı Terör Örgütü'nün (FETÖ) üyesi mi yoksa işbirlikçisi mi olduğuna HSYK karar verecek. HSYK, Şadan Sakınan hakkında daha önce mal varlığında belirlenemeyen artış olduğu gerekçesiyle soruşturma izni vermişti.
KPSS soruşturmasını başlatan Yalvaç Cumhuriyet Savcılığı, yetkisizlik kararı ile dosyayı 22 Haziran 2011'de Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı'na gönderdi. Dosya, eski Ankara Cumhuriyet Başsavcıvekili Şadan Sakınan'a tevdi edildi. Ancak dosya, CMK'ya göre tüm verileriyle 'gecikmeden, eksiksiz, doğru ve istisnasız olarak' UYAP'a kaydedilmesi gerekirken, bu yapılmadı ve 2,5 yıl boyunca adliye deposunda tutuldu. 2010 KPSS soruşturması ile ilgili tüm gerçekler gün yüzüne çıkarken, Savcı Sakınan elindeki delillerle soruşturmayı aydınlatmak yerine delilleri kararttı. Bununla da yetinmeyen Sakınan, Adalet Bakanlığı'na “Henüz bir suçlu ve örgütsel yapılanma tespit edilememiştir" şeklinde yazı
göndererek yanılttı.
Soruşturmanın en önemli delili olarak gösterilen ve elkonulan kitapçıklar, soruşturma tamamlanana kadar adli emanette saklanması gerekirken, kanuna aykırı olarak ÖSYM'ye teslim edildi. Bu kitapçıkların 'arşiv hizmetlerine ilişkin yönetmelik' gereği 2 yıl içinde imha edilmesi gerektiği için ÖSYM, savcılıktan görüş sordu. Sakınan ise bu görüşe olumlu yanıt verdi. Bu skandal da soruşturmanın yeni savcısı tarafından ortaya çıkarıldı. Sakınan ayrıca, 2010 KPSS haricinde, dosyayla ilgisi olmamasına rağmen 2004-2005 ÖSS, 2011 YGS'yi de 'inceleyerek' hedef saptırdı.
*En önemli delil olan soru kitapçıklarını imha ettirdi
*'Örgüt bulamadık' diyerek Adalet Bakanlığı'nı yanılttı
*Soruların dağıtıldığı dernekte bilgisayar formatına göz yumdu
*'Örgüte üye' mi yoksa sadece 'yardımcı' mı takdir sizin