Vakfın bir dönem döneminde başkanlığını yapan H.C'nin tekstil fabrikasında arama yapılan operasyonda, A.K'nin başkanlığını yürüttüğü vakıf aracılığıyla, “öğrencileri okutuyoruz” denilerek vatandaşlardan yardım adı altında arsa, para, çek ve senet alındığı, çek ve senet verenlerin ödememesi durumunda mallarına icra yoluyla el konulduğu, kayıt dışı olarak toplanan paraların FETÖ'ye aktarıldığı iddia edildi. Vakfın eski başkanı H.C'nin, yardım adı altında toplanan kayıt dışı paraları fabrikasında ayarladığı “gizli oda”da sakladığı öne sürüldü. Orhangazi Üniversitesindeki bir odanın, vakıfta hiçbir görevi olmamasına rağmen “FETÖ'nün il imamı” C.S'ye tahsis edildiği ve vakıf parasıyla “kral dairesi gibi döşendiği” iddia edildi.