KCK ana davasını karara bağlayan Yargıtay 16. Ceza Dairesi, 93 sanığın cezasının onaylanmasına karar verirken, 41 sanık hakkında verilen hükümlerin bozulmasına hükmetti. Karara göre, HDP Diyarbakır Milletvekili Musa Farisoğulları’na verilen 9 yıl, HDP Hakkari Milletvekili Leyla Güven’e verilen 6 yıl 3 ay hapis cezası ile HDP Mardin Milletvekili Ebru Günay hakkındaki beraat kararı onaylandı. Ayrıca HDP Van Milletvekili Tayip Temel’e, “örgüt üyeliği”nden ceza verilmesi gerektiği belirtilerek, “örgüt yöneticisi olmak” suçundan verilen 18 yıl hapis cezası bozuldu. Yine HDP Mardin Milletvekili Pero Dündar hakkında “örgüt üyeliği”nden verilen 9 yıl hapis cezası eksik araştırma nedeniyle bozuldu.
Kararda, 24 Haziran 2018’deki seçimlerde milletvekili seçilen söz konusu sanıklar yönünden yargılama konusu eylemlerin yasama dokunulmazlığı kapsamında kalıp kalmadığına ilişkin önemli bir değerlendirme yer aldı. Kararda, Anayasa’nın 83. maddesiyle milletvekillerine nispi ve geçici bir dokunulmazlık sağlandığı, buna göre, seçimden önce veya sonra bir suç işlediği ileri sürülen milletvekilinin, Meclis’in kararı olmadıkça sorguya çekilemeyeceği, tutuklanamayacağı ve yargılanamayacağı belirtildi. Ancak ağır cezayı gerektiren suçüstü hali ve seçimden önce soruşturmasına başlanmış olmak kaydıyla Anayasa’nın 14. maddesindeki durumların bu hükmün dışında kaldığına dikkat çekildi. Kararda, yapılan değerlendirmenin ardından bu suçlardan dolayı milletvekili hakkında seçilmeden önce başlayan muhakeme işlemlerine seçimden sonra da devam edilebileceği belirtildi. Kararda, şöyle denildi: “Anayasanın 14. Maddesi, Türkiye Cumhuriyeti’nin bağımsızlığı ve demokrasisi yani varlığı için olmazsa olmaz unsurları belirlemiştir. Zira, hiçbir devlet varlığına kasteden bir suçu işlemekle suçlanan kimsenin dokunulmazlığını kabul etmez. Aksi bir kabul, hak ve nesafet ilkeleri ile eşitlik kuralıyla bağdaşmayacağı gibi adalete olan inancı sarsarak kamu vicdanını da rahatsız eder.”