Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan'ın çağrısı ve Din Şurası'nda alınan kararlar üzerine FETÖ'nün İslam'a verdiği zararları tespit etmek için araştırma komisyonu kuran Diyanet İşleri Başkanlığı, Fetullah Gülen'in kitaplarını mercek altına aldı. Din İşleri Yüksek Kurulu bünyesinde, İlahiyat Fakültelerindeki farklı branşlardan akademisyenlerin de katılımı ile kurulan komisyon FETÖ'nün tüm yayınlarını incelemeye başladı.
İncelenen kaynaklardan önemli detaylar ortaya çıkarken, ilk göze çarpan tahrifat Fetullah Gülen'in “Fasıldan Fasıla 1" kitabında yer alan Meryem suresi 17. Ayet yorumunda tespit edildi. Gülen kitabında ilgili sure ile ilgili olarak, "Zira Hz. Meryem çok afife ve nezihe bir kadındı. Bu itibarla da gözlerinin içine başka hayal girmemişti ve girmemeliydi de. Ona sadece kendisine helal olan biri bakmalıydı. O da olsa olsa Efendimiz olabilirdi" yorumunu yapmış. (Fasıldan Fasıla 1, Nil Yayınları, 2. Baskı, s. 197)
Din İşleri Yüksek Kurulu Üyesi, aynı zamanda tefsir alanında uzman olan Prof. Dr. İbrahim Hilmi Karslı, Fethullah Gülen'in söz konusu çarpıtmalarla ilgili rapor hazırladı. Raporunda Kur'an müfessirlerinin ayette geçen 'ruh' kavramını 'Cebrail (a.s) anlamında kullandıklarını belirten Karslı “Kur'an'da kelimenin başka yerlerde de bu anlamda kullanıldığını görüyoruz. Nitekim ayetin devamında bu manada resul/elçi kelimesi geçmektedir. Dolayısıyla ruh kelimesini Hz. Peygambere izafe etmek Kur'an açısından doğru değildir. Ayrıca belirtmek gerekir ki Kur'an'da 'ruh' kelimesi çeşitli anlamlarda geçmekte ancak hiçbir yerde Hz. Peygamber anlamında kullanılmamaktadır. Hz. Peygamber'in henüz dünyaya gelmeden altı asır önce ruhunun beşer suretinde temessül ederek Hz. Meryem'e yaklaşması düşüncesi batıl bir düşüncedir. Problemli bir 'ruh' anlayışını yansıtmaktadır" ifadelerini kullandı.
"Bu çarpık anlayışın durup dururken ortaya çıkmadığı anlaşılmaktadır" diyen Karslı şöyle devam etti: “Masum bir yorum olarak bunu değerlendiremeyiz. Aksine bu görüşlerin Vatikan tarafından uygulamaya konulan Hristiyan-İslam diyaloğu projesine bir katkı sağlamaya yönelik olduğu anlaşılmaktadır. Müslüman zihnin Hristiyan dünyaya yaklaştırılmasının hedeflendiğini söylemek mümkündür."