Genelkurmay Çatı davasında dönemin Genelkurmay Başkanı Hulusi Akar ile Genelkurmay ikinci Başkanı Yaşar Güler’in yakınına sızan örgüt üyelerine ceza yağdı. Mahkemenin tüm darbe eylemlerinden sorumlu tuttuğu Yurtta Sulh Konseyi üyesi Orhan Yıkılkan, Akar'ın başdanışmanı olarak görev yapıyordu. Darbe toplantılarına katılan, aynı zamanda Akar'ın rehin alınması sürecinde etkin rol alan Yıkılkan, 141 kez ağırlaştırılmış müebbet hapis cezasına çarptırıldı.
Eski kurmay Albay Ramazan Gözel de Akar'ın Özel Kalem Müdürü olarak görev yapıyordu. Akar'ın etkisiz hale getirilmesiyle görevlendirilen ekibin içinde yer alan Gözel'e de 11 kez ağırlaştırılmış müebbet hapis cezası verildi. Bir diğer kritik isim Gökhan Eski ise Akar'ın emniyet subayı olarak görev yapıyordu. Çankaya Köşkü içinde bulunan Muhafız Alayında özel araçlarıyla yola çıkan Murat Korkmaz liderliğindeki yaklaşık 19 kişilik darbeci Özel Kuvvet personeli eski yarbay olan Gökhan Eski'nin gözetiminde saat 00.29'da karargaha giriş yaptı. Eski de 11 kez ağırlaştırılmış müebbet hapis cezasıyla cezalandırıldı.
Soruşturma aşamasında itirafçı olarak önemli bilgiler veren ancak yargılama sırasında çark eden Levent Türkkan, Akar'ın emir subayıydı. Türkkan, derdest eden ekibin içinde yer aldı. Türkkan yapılan yargılama sonucunda ağırlaştırılmış müebbet aldı. Genelkurmay Başkanlığı Özel Kalem Müdürlüğü'nde görevli Ahmet Yıldız ağırlaştırılmış müebbet hapis cezasıyla cezalandırıldı. Yarbay Hüseyin Hakan Yücel’e müebbet, Genelkurmay Başkanlığı'nı işgal girişiminde bulunan eski Albay Fırat Alakuş ise 9 yıl ceza verildi.
Yaşar Güler'in emrinde görev yapan 8 kişi hakkında dava açılmıştı. Mahkemenin kararına göre, bunlardan 6'sı hapse çarptırılırken, koruma ekibinde yer alan Uğur Kent ve Yusuf Yalçın beraat etti. Ceza alanlar arasında en dikkat çeken isim Güler'in Özel Kalem Müdürü olarak görev yapan Bünyamin Tuner oldu. Eski Yarbay Tuner, Güler'in elleri bağlanıp, kafasına siyah bir başlık giydirilerek derdest edilmesi eylemlerine katıldı. 15 Temmuz günü saat 19.26'da Mehmet Partigöç'ün odasına giderek komutanlar ve MİT müsteşarı arasında yapılan görüşmeler hakkında bilgi verdiği belirtilen Tuner, 11 kez ağırlaştırılmış müebbet hapis cezası aldı. Genelkurmay 2. Başkanı Özel Sekter Yardımcısı Recep Özkan ile Genelkurmay 2. Başkanı Özel Sekterliğinde görevli Vahap Kavaker’e 11 kez ağır müebbet, Genelkurmay 2. Başkanlığında emir subayı Fatih Ekici müebbet, Genelkurmay Başkanlığı 2. Emir Astsubayı Lütfi Karaca ile Genelkurmay 2. Başkanı Koruma Personeli Murat Bingül 7 yıl hapis cezası aldı.