İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'nın, Paralel Devlet Yapılanması'nın, “takipsizlikle sonuçlanan 25 Aralık soruşturmasında usulsüzlükler yaptığı ve şüphelilere kumpas kurduğu” iddiasıyla aralarında Fetullah Gülen ve eski Emniyet Müdürü Yakup Saygılı'nın da bulunduğu 69 şüpheli hakkında yürüttüğü soruşturma tamamlanarak, iddianame hazırlandı.
İstanbul Cumhuriyet Başsavcıvekili İsmail Uçar tarafından hazırlanan 1453 sayfalık iddianamede, 1 numaralı şüpheli olarak Fetullah Gülen yer aldı. Şüpheli Fetullah Gülen'in “Cebir ve şiddet kullanarak Türkiye Cumhuriyeti Hükümetini ortadan kaldırmaya veya görevlerini yapmasını kısmen veya tamamen engellemeye teşebbüs etmek”, “silahlı örgüt kurmak veya yönetmek” ve “Devletin güvenliği veya iç veya dış siyasal yararları bakımından, niteliği itibarıyla gizli kalması gereken bilgileri, siyasal veya askeri casusluk maksadıyla temin etmek” suçlarından ağırlaştırılmış müebbet hapis cezası ile cezalandırılması talep edilen iddianamede, Gülen'in kaçak olduğu için tensiple birlikte tutuklanması istendi.
Başsavcılık iddianamesinde, Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan, Bilal Erdoğan, Berat Albayrak, Serhat Albayrak, Hakan Fidan, İsmail Rüştü Cirit, Nihat Ömeroğlu ve Yalçın Akdoğan “müşteki”, Başbakan Ahmet Davutoğlu, bazı bakan ve milletvekilleri de “mağdur” olarak yer aldı. İddianamede, onaylanması için İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'na sunuldu.
Tahşiye kumpasında ise aralarında Fethullah Gülen, Hidayet Karaca ve eski emniyet müdürlerinin de bulunduğu 15'i tutuklu 33 sanık hakkında hazırlanan iddianame hazırlanmıştı. Gülen için, yıldan 235,5 yıla kadar hapis cezası istenmişti. Başsavcılık tarafından hazırlanan iddianame 17 Eylül de mahkemeye gönderilmişti.