Yıl, 3 Kasım 1986... Alaattin Kaya ile İhsan Arslan, Ankara'da Zaman Gazetesi'ni yayınlamaya başladı. 1987 yılında birçok çalışanının tasfiyesi ile gazete FETÖ elebaşı Fetullah Gülen'in kontrolüne geçti. İstanbul Yenibosna'ya taşınan Zaman Gazetesi'nin 1996 yılından itibaren sistemli olarak misyonerlik vurgusu yaptığına dair en net bulgular. Yıl, 9 Şubat 1998... Fetullah Gülen, 28 Şubat 1997'den bir yıl sonra Vatikan'a sürpriz bir ziyaret gerçekleştirdi. Görüşmeden sonra basın toplantısı düzenleyen Gülen, bir yıl öncesinde gelmeyi planladığını ve bir yıl geciken ziyaretin 'çok olumlu' geçtiğini açıkladı.
Bu tür görüşmeleri Diyanet İşleri'nin kurması gerektiğini ancak hükümete bağlı bir kuruluşun özgürce hareket edemediğini iddia eden Gülen, bu misyonu toplumlar adına üstlendiğini ve çelişkiye düşmeden devam etmeyi hedeflediğini ifade etti.Gülen, “Gerek Papa ve gerekse benim yaşlarımız ilerlemiş. Bu bakımdan ben bu kutsal topraklarda ölürsem diye aklıma geldi” dedi. Zaman Gazetesi'nin Alaaddin Kaya'nın Vatikan'daki ikili görüşmenin perde arkasında yatan isim olduğu öğrenildi.
Görüşme sırasında Papa'ya yakın duruşuyla dikkati çeken Kaya, gün boyunca Gülen ile II. Jean Paul arasında köprü görevi gördüğü görüldü. Türkiye'ye döndükten sonra gazetesini adeta Rum Fener Patrikhanesi'nin PR kuruluşuna çeviren Kaya, misyonerlik vurgusunu sürekli dile getirdi. Fetullahçı Terör Örgütü'nün (FETÖ) darbe girişimi soruşturması kapsamında gözaltına alınan eski Zaman Gazetesi İmtiyaz Sahibi Alaaddin Kaya tutuklanmıştı.
İzmir Cumhuriyet Başsavcılığı Terör ve Örgütlü Suçlar Soruşturma Bürosu Savcısı Zafer Dur'un hazırladığı 56 sayfalık iddianame 2. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından kabul edildi. FETÖ'nün finans ayağıyla ilgili hazırlanan iddianamede çarpıcı tespitler yer aldı. FETÖ elebaşı Fetullah Gülen'in, Vatikan'da görüştüğü Papa 2. Jean Paul tarafından “gizli kardinal” olarak atandığı ortaya çıktı. FETÖ elebaşı Gülen'in gizli kardinal olduğuna araştırmacı-yazar Aytunç Altındal ışık tutarak örgüt aleyhine kitap kaleme aldı.
Kısa süre sonra yaşamını yitiren Altındal'ın ölümündeki sis perdesi aralanmış değil. 2013'te aniden ortaya çıkan akciğer kanseri nedeniyle hayatını kaybeden Altındal, hastalığıyla ilgili kuşkularını şöyle anlatmıştı: “Biyopsiler tertemiz çıktı. Sonra bir ay içinde bütün vücudumu saran bir kanser olayıyla karşılaştık. Doktorlar da çok şaşırdı. Bunda bir gariplik var, vücuduna verilmiş olan bir kanser ilacı olabilir dediler. Kanser olmadığın halde size kanser ilacı vererek sizi kanser hastası yapıyorlar.” FETÖ'nün ölüm listelerinde üçüncü sırada yer altığını anlatan Altındal, verdiği bu beyanattan kısa süre sonra öldü.
Zaman Gazetesi'nin 1990 yıllarından itibaren Vatikan'a yönelik olarak eleştirel bir dil takındığı biliniyor. Bu kapsamda, 22 Nisan 1990'da yer verilen 'Papa yine sahnede' başlığı süreci başlattı. FETÖ'nün kısa bir süre sürecek olan eleştirel akımı, 1991'deki 'Patrikhane entrika peşinde...
İstanbul'a gelen Yunan milletvekilleri hezeyan kustu: Patrikhane İstanbul'da mahpusmuş' ve 1992'deki 'PKK Hristiyan işbirliği' başlıklarıyla devam etti. 1 Temmuz 1995'te ise 'Bartholomeos Papa statüsü peşinde' haberi ile Zaman Gazetesi, Vatikan'ı eleştirme sürecine son verdi. Zaman Gazetesi, 23 Mayıs 1991'de 'Papa'dan büyük ayıp' manşetiyle yayına girmiş. Haberde, Hristiyanlığı tehlikede gören Vatikan'ın misyonerlerden Müslümanları Hristiyanlaştırmaları ve bunu yapamazlarsa dinsizleştirmelerini istediği anlatılıyor.
FETÖ'nün ajansı Cihan, Fener Rum Patriği Bartholomeos'un Heybeliada Ruhban Okulu'nda yapmış olduğu açıklamaları pür dikkat takip etmiş. Zaman'daki haberde Bartholomeos'un 'Ruhban Okulu'yla bayram yapacağız' diyor.
Zaman, 'Kadın ve Erkek Arasında Sadakat ve Aşk Farkı' adlı kitabın yazarı M. Canan Ceylan ile dikkatleri çeken bir söyleşi yaptı. Gazetede büyük yer bulan söyleşide misyonerlik vurgusu yapıldığı net bir şekilde görülüyor. Ceylan, “Ülkemizde misyonerlik faaliyetlerinde bulunanlar var. Onlara kanan insan zaten İslam'a ve Allah'a tam olarak gelmemiş, inanmamış demektir... Bu yüzden kendimize güveniyorsak, bırakalım onlar da kendi görüşlerini anlatsınlar” diyor.
FETÖ'nün yayın organlarından bir diğeri olan Aksiyon Dergisi de misyoner ideolojiyi sürekli işledi. Özellikle 10'uncu yılına özel hazırlanan Aksiyon, her şeyi açık etti. 'İnsanlık Onu Bekliyor Hz. İsa' temalı sayının satıraralarında misyonerlik mesajları verildi. Özel sayı, uzun süre çeşitli çevrelerden tepki çekti. Kapakta Hz. İsa'nın Hristiyan ideolojisine göre resmedilmiş olması da dikkat çekti. FETÖ'nün darbe girişimine yönelik yürütülen soruşturma kapsamında kapatılan Aksiyon Dergisi'ne yönelik iddianamede 10'uncu yıl özel sayısının “İnsanlık Onu Bekliyor Hz. İsa” kapağıyla çıkmış olması da yer aldı.
Vatikan ile ittifaka girişen Zaman Gazetesi, 17 Nisan 1996 tarihinde 'Vatikan'dan sıcak mesaj' başlığıyla misyonerliğe övgü dolu bir yayıncılığa başladı. 2000 yılına dek takip eden haber başlıkları:
* Ekim 1996: Patrik Bartholomoes ve F. Gülen Hocaefendi toplumsal barışın önemini vurgulayan konuşmalar yaptılar.
* Ekim 1996: Medeniyetler arası diyalog için ilk adım; Fener Rum Patriği Bartholomoes konuşmasının ardından, F. Gülen'e bir hediye takdim etti.
* 9 Şubat 1998: Vatikan'da uzlaşma zirvesi.
* 10 Şubat 1998: F. Gülen Hocaefendi, İslam ve Hıristiyan dünyasını temsilen 'Dinlerarası Diyalog' çerçevesinde Papa 2. Jean Paul ile yarım saat görüştü. Bartholomoes: 'Bol ürün bekliyoruz.'
* 19 Şubat 1998: Yunanistan'dan gelen 45 delegenin iştirak ettiği toplantıya Fener Rum Ortodoks Patriği Bartholomoes de katıldı. Patrikten hoşgörü mesajı.
* 24 Aralık 1998: Ehli Kitap iftarda. İftara Rum Ortodoks Patriği Bartholomoes'un yanı sıra, Ermeni Ortodoks Patriği Mutafyan, İstanbul Musevi Hahambaşısı David Aseo katıldı.
* 10 Mart 1998: F. Gülen'in başlattığı diyalog çalışmaları sürüyor. Gülen önceki gün İstanbul'da Yahudi Örgütleri Başkanları Konferans Heyetini kabul etti.
* 12 Nisan 1998: F. Gülen ile Papa görüşmesi önemli bir olaydır.
* 17 Nisan 2000: Hz. İbrahim'in torunları onun adına yapılan sempozyumda devrim yaparak, artık ortak noktaları öne çıkartarak sürekli diyalog kararı aldılar.