Genelkurmay Başbakanlığı 15 Temmuz darbe girişim sonrası ikinci kez açıklama yaptı. Genelkurmay'dan yapılan açıklamada o gece yaşananlar tüm detayıyla anlatıldı. Açıklamada, saat 16.00'da MİT'ten bilgi geldikten sonra yapılan toplantı ve verilen emirlere yer verildi. Uçuşların durdurulmasına ilişkin işlemlerin saat 19:26 itibarıyla tamamlandığı kaydedildi. Tüm uyarılara karşın 21:45'ten itibaren değişik tanıtıcı kodlar ve çağrı isimleriyle kalkışların yapıldığı belirtildi. Darbecilere karşı Akıncı üssündeki kalkış alanlarının F-4'lerle vurulduğu, helikopterlerin kalkışının taciz ateşiyle engellendiği kaydedildi. Açıklamada dikkat çeken bir Akın Öztürk detayı da yer aldı. Genelkurmay Başkanlığı'ndan yapılan açıklamada şu ifadelere yer verildi:
Cuma günü saat 16:00 sularında Milli İstihbarat Teşkilatı tarafından verilen bilgi, Genelkurmay Karargâhında; Genelkurmay Başkanı, Kara Kuvvetleri Komutanı ve Gnkur. II'nci Başkanı'nın katılımıyla değerlendirildi. Komuta Harekât Merkezi telefonla aranarak, Türk hava sahasında ikinci bir emre kadar hiçbir askeri hava aracının havalanmaması, Etimesgut'taki tank ve zırhlı araçlar başta olmak üzere tüm araçların hareketlerinin durdurulması emirleri ilgili personele verildi.
FETÖ girişimlerine yönelik olarak Genelkurmay Başkanı Orgeneral Hulusi Akar'ın talimatları doğrultusunda büyük çoğunluktaki mensupları ile mücadele edildi, durum kontrol altına alındı. Genelkurmay Başkanlığının, uçuşların durdurulması ve havadaki görevli uçakların indirilmesine ilişkin talimatı Hava Kuvvetleri Harekat Merkezine iletildi. Bu direktif Eskişehir'deki Hava Harekât Merkezi tarafından tüm birliklere tebliğ edilmiş, uçuşların durdurulmasına ilişkin işlemler saat 19:26 itibariyle tamamlandı. Direktif, 19:56 ve 20:31 itibariyle tüm birliklere teyyiden tekrar iletildi.
Hava Kuvvetleri Harekât Merkezi ve Eskişehir'deki Hava Harekât Merkezinde görevli ekiplerce direktifin gereği yakından takip edildi. Tüm bu ikaz ve uyarılara rağmen 21:45'ten itibaren bir kısım meydanlardan değişik tanıtıcı kodlar ve çağrı isimleri kullanılarak kalkış yaptı. Durum İstanbul'daki Hv.K.Komutanı Org.Abidin Ünal'a iletildi. Ünal teröristlerden temizlenmesi ve tüm bağlantıların kesilmesi talimatını verdi.
Hv.K.Komutanı Ünal, Ankara'da akıncı Üssü lojmanları bölgesinde bulunan Orgeneral Akın Öztürk'ü arayarak kalkışmada bulunanları ikna etme istendi. 6. Üs Komutanlarına verilen doğrudan direktifler sonucu, kalkışmanın 3 meydan ile sınırlı olduğu belirlendi. Eskişehir'de kalkan F-4'lere pistleri vurması talimatı verildi. F-16'ların Ankara semalarında alçak uçuş yapması sonrası Başbakan Binali Yıldırım'ın direktifler verdiğini açıklayan Genelkurmay, Başbakan Yıldırım ve Milli Savunma Bakanı İsmet Yılmaz'ın bilgisi ve direktifleri doğrultusunda planlamalar yapıldığını açıkladı.
Darbe girişimi yapan askerler, Boğaziçi Köprüsü'ne tanklarla gelmiş kendilerini engellemek isteyen vatandaşlara ateş açmışlardı. İşte o anlara ait MOBESE görüntüleri ortaya çıktı. Görüntülerde Türk Bayrağıyla gelen vatandaşlara nişan alan darbeci askerler, defalarca ateş ediyor. Bazı vatandaşlar açılan ateş sonrası yaralanarak yere düşüyor. Görüntülerin başka bir bölümünde ise darbecilerin yaptığı tank atışı da görülüyor. Olaylar sürerken İstanbul Emniyet Müdürü Mustafa Çalışkan da telsiz anonsuyla polislere uyarılarda bulunuyor. Çalışkan'ın askerlere megafonla seslenmesi de kayıtlara yansıyor.
15 Temmuz gecesi Boğaziçi Köprüsü'nde bulunan ve olaylar sırasında tanklara gizlendiği belirtilen çoğu Yeşilköy'deki Hava Harp Okulu öğrencisi ve Kuleli Askeri Lisesi'nden 22 asker dün çıkarıldıkları mahkemece adli kontrol şartı uygulanarak serbest bırakılmıştı. Savcılığın yaptığı itiraz üzerine yeniden hakim karşısına çıkan askerlerin 22'si de tutuklanarak cezaevine gönderildi.