Darbe girişimi sırasında Deniz Kuvvetleri Komutanlığı'nda neler yaşandığına Milliyet ulaştı. 15 Temmuz gecesi Marmaris'te olduğu ve Aksaz üssünden bir fırkateyne binerek denize açıldığı iddia edilen Deniz Kuvvetleri Komutanı Oramiral Bülent Bostanoğlu'nun 15 Temmuz'da Heybeliada'daki Deniz Lisesi'nin mezuniyet törenine katıldığı, 16 Temmuz Cumartesi günü de Tuzla'da Başbakan Binali Yıldırım ile pek çok bakanın katılacağı TCG Sancaktar amfibi çıkarma gemisinin denize indirilme törenine katılmak için beklediği ortaya çıktı.
Darbe girişimini haber alan Bostanoğlu önce Genelkurmay Başkanı Orgeneral Hulusi Akar'ı ardından Kara, Hava ve Jandarma komutanlarını aradı ancak ulaşamadı. Bunun üzerine Milli Savunma Bakanı Fikri Işık'ı arayan Oramiral Bostanoğlu, Işık'a, "Komuta kademesi olarak darbe girişimini kabul etmiyoruz. Komutanlara ulaşamıyoruz, sizinle irtibatta kalarak ortak hareket etmek istiyoruz" dedi.
Ardından bir TV kanalına telefonla bağlanan Oramiral Bostanoğlu, "Komuta kademesi olarak bu girişimi kesinlikle kabul etmiyoruz" açıklamasında bulundu. Milliyet'in haberine göre, Bostanoğlu'nun açıklaması Deniz Kuvvetleri Komutanlığı'ndaki askerler için kırılma noktası oldu. Bu sırada komutanlığa bağlı deniz üsleri Aksaz, Foça ile Donanma Komutanlığı'nın merkezi olan Gölcük'ten 11 savaş gemisi darbeciler tarafından hareket ettirilmişti.
Kuvvet komutanının darbeyi desteklemediğini gören gemilerin personeli ne olduğunu anlayınca darbecilerin gemi üzerindeki hakimiyeti azaldı. Oramiral Bostanoğlu, 11 savaş gemisine "Emir komuta hiyerarşisine aykırı olarak seyre kalkan tüm gemiler derhal üslerine geri dönecek" emrini verdi. Bunun üzerine Donanma Komutanı Oramiral Veysel Kösele'nin de alıkonulduğu TCG Yavuz başta olmak üzere tüm gemiler bağlı oldukları limana geri döndü. Oramiral Bostanoğlu'nun olaya zamanında müdahale etmesi ve kararlı tutumu denizde füze, güdümlü mermi, uçaksavar, taret (top bataryaları) ve torpidoları ile dolaşan gemilerin geri dönmesini sağlarken, denizde yaşanacak muhtemel bir çatışmanın da önüne geçti.
Oramiral Bostanoğlu, 16 Temmuz sabahı erken saatlerde Ankara'daki Deniz Kuvvetleri Komutanlığı Karargahı'ndaki makamına geldi. Darbe girişimine katılanların yakalanması ve denize açılan savaş gemilerinin limanlarına dönmesiyle Deniz Kuvvetleri Komutanlığı zorlu geceyi can kaybı olmadan ve hasarsız atlatan tek kuvvet oldu.
The Times'ın ortaya attığı '14 savaş gemisi kayıp' iddiası yalanlandı. Karadeniz Uyum Harekatı (KUY) çerçevesinde fırkateyn, denizaltı ve korvetten oluşan 4 geminin 2004'ten beri Karadeniz'de uluslararası güçle hareket ettiği vurgulandı. Akdeniz'deki savaş gemilerinin ise 2006'dan beri uygulanan Akdeniz Kalkanı Harekatı'ndaki uluslararası güçte yer aldığı, çeşitli gemilerin de uluslararası görevler için denizlerde liman ziyareti yaptığı ortaya çıktı.
4 savaş gemisinin ise Karadeniz'deki Sea Shield tatbikatında olduğu, bir fırkateynin de Norveç'ten Donanma Komutanlığı'na doğru seyir halinde olduğu belirlendi.