FETÖ’ye yönelik başlatılan soruşturmalar kapsamında, darbe teşebbüsünde bulunan FETÖ’cü hainlerin 15 Temmuz’da, yazılımlarını kendi oluşturdukları birçok şifreli haberleşme programı üzerinden iletişim kurdukları belirlendi. FETÖ’cüler, özellikle darbe girişimi gecesi örgütün üst kademesindeki isimlerin kullandığı şifreli haberleşme uygulaması Co-Co’nun çökmesiyle WhatsApp üzerinden de mesajlaştılar. Kendi aralarında WhatsApp’tan farklı gruplar kurarak hain planlar yaptıkları tespit edilen darbeciler, başarısız olunca da deşifre olmamak için ev, iş yerleri ve üzerlerindeki telefonları imha ettiler.
Soruşturma kapsamında yapılan bu tespitler üzerine güvenlik birimleri, WhatsApp’tan, yakalanan örgüt üyelerinin o gece kendi aralarında yaptıkları yazışmaları istedi. Ancak WhatsApp’tan olumlu cevap gelmedi. Söz konusu yazışmaların darbe gecesine ışık tutabileceği ifade edilirken Türkiye’nin ısrarlı taleplerine WhatsApp kulak tıkamayı sürdürüyor. WhatsApp’ın bu davranışı, Twitter’in terör destekçilerinin IP adreslerini vermemesi olayını akıllara getirdi.