FETÖ soruşturması kapsamında 15 yıla kadar hapis istemiyle dava açılan Namık Kemal Üniversitesi Rektörü (NKÜ) Prof. Dr. Osman Şimşek hakkında Cumhuriyet Savcısı Emrah Yıldırım tarafından hazırlanan 80 sayfalık iddianame, Tekirdağ 3. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından kabul edildi. İddianamede, tutuksuz sanık durumunda olan Şimşek'in "örgüte yardım etme" suçundan 15 yıla kadar hapisle cezalandırılması isteniyor. Örgütün mali kaynakları ve mahrem yapılanmasının ayrıntılarının anlatıldığı iddianamede, FETÖ'nün devlet kademelerindeki yapılanmasına ve sızılan yerin önemine göre örgüt içerisindeki mahremiyetin arttığına işaret edildi.
NKÜ'nün eski Genel Sekreteri T.Y. iddianamedeki ifadesinde, okul içindeki hiyerarşik yapıda FETÖ'cü kişilerin aktif olduğunu ve örgüt dışındaki akademisyenlere mobbing uygulandığını belirtti. T.Y, ifadesinde kendisinin de bu yapılanma dışında kaldığını ve baskıya maruz kaldığını öne sürerek, "NKÜ' de genel sekreter olarak görev yapıyordum. NKÜ'deki Fetullahçı yapılanmanın şahsa özel ilan çıkartılıyordu. Yapılanma içerisinde olmayan kişilere mobbing uygulanıyordu, bu suretle NKÜ'den uzaklaştırıldım." ifadelerini kullandı.
Şimşek'in örgüt ile iltisaklı olduğu belirtilen iddianamede, şunlar kaydedildi: "Şüpheli Osman Şimşek'in, NKÜ içerisindeki Fetullahçı akademik kadrolaşmayı sağladığı ve bu sistematiğin en başındaki kişi olduğu tespit edilmiştir. Zira YÖK'ten ilgili bölüm için kadro izni alındıktan sonra, ilgili kadronun içeriği alınacak olan FETÖ mensubu akademisyenin çalışmasına/yayınına göre düzenlendiği, bu noktada ilgili fakülte dekanına takdir yetkisi sunulmadığı gibi jürinin, Üniversitelerarası Kurul'un ve ilgili fakültenin yönetim kurulunun da FETÖ mensubu kişilerden şüpheli rektör Osman Şimşek tarafından belirlendiği/atandığı anlaşılmıştır."
Namık Kemal Üniversitesi (NKÜ) Rektörü Prof. Dr. Osman Şimşek, hakkında, iddianamenin kabul edilmesinin ardından YÖK harekete geçti. FETÖ’cü Şimşek, YÖK tarafından görevinden alındı. YÖK tarafından rektörlük görevini vekaleten İstanbul Üniversitesi İktisat Fakültesi Öğretim Üyesi Prof. Dr. Sedat Murat’ın yürütmesi uygun görüldü. Rektör Şimşek, 22 Haziran 2017 tarihinde gözaltına alınmış ve adliyeye sevk edildikten sonra çıkarıldığı mahkemece adli kontrol şartıyla serbest bırakılmıştı.