Mahkemeye çıkarılan Altunbaşak, tutuklanarak cezaevine gönderildi. 2. Ağır Ceza Mahkemesi; eski TÜBİTAK Başkanı Altunbaşak, eski Başkan Yardımcısı ve BİLGEM Başkanı Hasan Palaz, Türkiye Sanayi Sevk ve İdare Enstitüsü eski Müdürü Prof. Dr. Osman Kulak ve Marmara Araştırma Merkezi (MAM) eski Başkanı Prof. Dr. Murat Aydın'ı yargılıyor.
İddianamede, sanıkların, 17-25 Aralık operasyonlarının ardından göreve gelen Bilim, Sanayi ve Teknoloji Bakanı Fikri Işık'ın “Bakanlıktan izinsiz işe alımı” yasaklayan genelgesine rağmen “145 FETÖ üyesini” işe aldıkları kaydediliyor ve “silahlı terör örgütüne üye olmak ve yönetmek” ve “görevi kötüye kullanmak”tan cezalandırılmaları talep ediliyor.