HSYK'nın İstanbul eski İl Jandarma Komutanı Albay Hüseyin Kurtoğlu'nun önünü kesmek için soruşturma başlatan savcı ile yargılamayı yapan hakimlere görevden el çektirmesinin ardından bu kez de Yargıtay harekete geçti. Yargıtay, Kurtoğlu'nun terfisini engelleyip MİT TIR'larını durduran Hamza Celepoğlu'nu tuğgeneralliğe yükselten kumpasta yer alan 4 Yargıtay üyesi için muhakkik görevlendirdi. 4 üye Yüce Divan'da yargılanabilir.
Yargıtay Birinci Başkanlık Kurulu, Kurtoğlu hakkında verilen 2 yıl 6 ay hapis cezasını onayan Yargıtay'ın 4 üyesiyle ilgili gerekli soruşturmanın yürütülmesi için muhakkik (soruşturmacı) görevlendirdi. Kurtoğlu hakkındaki dosya üzerinde inceleme yapacak olan muhakkik, söz konusu üyelerle ilgili iddiaları araştıracak. Araştırmasının ardından soruşturmaya ilişkin rapor hazırlayacak, adli veya idari yönden cezaya yer olup olmadığına ilişkin görüş bildirecek. Silivri Cezaevi'nde tutuklu bulunan Ö.B.'ye, babasının vefatı üzerine cenazeye katılmak için izin talep etmesi üzerine yol süresi hariç 2 gün izin verildi. Ö.B, 24 Kasım 2011'te Tekirdağ Muratlı'daki cenaze evine götürüldü. Defin işleminin ardından geceyi geçirmesi için Tekirdağ F Tipi Cezaevi'ne konan O.B., ertesi gün cenaze evine tekrar götürüldü, daha sonra ise Silivri'ye getirildi. Dönemin Silivri Savcısı Mehmet Kurt, Ö.B.'ye refakat eden askerler hakkında, “Kamu görevinin sağladığı nüfuzu kullanarak kişiyi hürriyetinden yoksun kılmak” suçundan re'sen soruşturma başlattı.
Ö.B.'nin şikayetçi olmamasına rağmen soruşturmaya devam eden savcı Kurt, en üst dereceli kolluk amiri sıfatıyla İstanbul eski İl Jandarma Komutanı Hüseyin Kurtoğlu'nu da dosyaya dahil etti. HSYK'dan izin gerekiyordu. Ancak Kurt, izne gerek görmedi ve iddianame düzenledi. İddianameyi, Silivri Asliye Ceza Hakimi Zühal İşgören'in kabul etmesi üzerine yargılama başladı. Dönemin Silivri 2. Asliye Ceza Mahkemesi Hakimi Ahmet Türkeri, Kurtoğlu'nu 2 yıl 6 ay hapse çarptırdı. Kurtoğlu'nun itirazı üzerine dosya Yargıtay'a geldi. Yargıtay Cumhuriyet Savcısı Mazlum Bozkurt, yerel mahkeme kararının onanması yönünde görüş bildirdi. Yargıtay 14. Ceza Dairesi, 21 Mart 2013'te 1'e karşı 4 oyla aldığı kararla mahkumiyet kararlarını onadı.
Karara muhalif kalan Daire Başkanı Fevzi Elmas'ın sanıkların beraat etmesi gerektiğine yer verdiği uzun muhalefet şerhine rağmen üyeler Necati Meran, Kenan Karabeyeser, Mehmet Ali Demirezici ve Esabil Saylak onama yönünde görüş bildirdi. Yargıtay Cumhuriyet Başsavcılığı'nın onamaya itiraz etmesi üzerine karar bu kez oybirliği ile bozuldu. HSYK, Kurtoğlu'nun şikayeti üzerine harekete geçerek, soruşturma ve yargılama aşamasında görev alan hakim ve savcılar hakkında soruşturma başlattı. Dönemin Silivri Cumhuriyet Savcısı Şanlıurfa Savcısı Mehmet Kurt ile iddianameyi kabul eden dönemin Silivri Hakimi Zonguldak Hakimi Zühal İşgören ve Kurtoğlu hakkında mahkumiyet kararı veren dönemin Silivri Hakimi Diyarbakır Hakimi Ahmet Türkeri ile yerel mahkemenin mahkumiyet kararının onanması yönünde görüş bildiren Yargıtay Savcısı Mazlum Kurt, haklarındaki soruşturma tamamlanana kadar görevden uzaklaştırdı. HSYK ayrıca, yerel mahkemenin kararını onayan dönemin 14. Ceza Dairesi üyeleri Necati Meran, Kenan Karabeyeser, Mehmet Ali Demirezici ve Esabil Saylak hakkında suç duyurusunda bulundu.
Paralel yargının hedefi olan ve yapılan hukuksuzluklar nedeniyle önü kesilmek istenen Kurtoğlu, söz konusu dosyadan beraat etti ancak generalliğe yükselemedi. Davanın açıldığı yıl Kurtoğlu'nun yerine Tuğgeneralliğe Hamza Celepoğlu yükseldi. Celepoğlu, 19 Ocak 2014'te MİT TIR'larının Adana'da durdurulması emrini vermişti. Planlı bir organizasyon halinde gerçekleştirilen operasyonun amacı ise Türkiye'yi uluslararası alanda teröre destek veren ülke konumuna düşürmek.
Yargıtay Birinci Başkanlık Kurulu, 4 Yargıtay üyesi hakkındaki iddiaları araştırmak ve gerekli soruşturmayı yapmak üzere kıdemli üyelerden birisini muhakkik olarak atadı. Kurtoğlu'nun yargılama süreciyle ilgili araştırma yapacak olan muhakkik üye, CMK'nın verdiği tüm yetkileri kullanabilecek. Üyelerin ifadesi alınabilecek, geçmişe dönük telefon kayıtları incelenebilecek. İdari yönden “kınama” veya “görevden çekilmeye davet” cezalarını isteyebilecek. Adli yönden ise suçun gerektirdiği cezai yaptırımı talep edebilecek. Bu durumda 4 Yargıtay üyesiyle ilgili Yüce Divan yargılaması gündeme gelebilecek.