Akhundov, 2014 yılında Akkuyu Nükleer Santralı’nın genel müdürlüğüne getirildi. İki yıl görevde kaldıktan sonra 2016 Nisan’da Akkuyu’nun hisse satışıyla ilgili görüşmelerde bulunmak amacıyla genel müdürlük görevini bıraktı.
Akkuyu’da Kolin ve Kalyon yerine Enerji ve Tabii Kaynaklar Bakanlığı’na bağlı Elektrik Üretim AŞ’nın (EÜAŞ) ortak olacağı yönünde iddialar gündeme gelmişti. Rosatom kaynaklı bazı haberlerde de CKK konsorsiyum ortaklarından Cengiz İnşaat’ın görüşmelere devam ettiği ileri sürülmüştü.