Birleşmiş Milletler'in Kıbrıs'taki tarafların yüz yüze görüşmesine zemin hazırlamak amacıyla 1999'da başlattığı dolaylı görüşmeler, 2000 yılında da devam etti. 2. turu ocakta başlayan görüşmelerin kasımda yapılan 5. turunun sonunda, KKTC Cumhurbaşkanı Rauf Denktaş, Türk tarafının egemenliği kabul edilmediği sürece görüşmelere katılmayacağını açıkladı. Üç yıl aradan sonra dolaylı da olsa yeniden başlayan görüşmelerde zaman zaman gergin anlar yaşandı. BM Genel Sekreteri Kofi Annan'ın, görüşmelerin başında basına bilgi verilmemesi yönünde koyduğu "karartmaya" Rum tarafı uymadı.

Rum yönetimi, kısaca "Avrupa Ordusu" diye anılan Avrupa Güvenlik Birimi'ne girmek için müracaatta bulundu. Avrupa Gücü'ne 200 kişilik mekanize bir birlik vereceğini, Baf askeri hava üssü ile Larnaka ve Limasol limanlarını AB ordusunun kullanımına açacağını açıkladı.

Görüşmelerin 2. turu, 31 Ocak'ta Cenevre'de başladı. Rum basını, Rum Lider Glafkos Klerides'in beraberinde harita götürdüğünü ve KKTC'nin tanınmasının masada olduğunu yazdı. Rum siyasi partileri Annan'a, Denktaş'ın konfederasyon önerisini masaya getirmesine "izin" verdiği, Klerides'e de, Ulusal Konsey kararların dışına çıktığı için ateş püskürdü. Bazı siyasiler, Klerides'in istifasını istedi. Görüşmelerde Rum tarafı, KKTC'de Karpaz, Güzelyurt, Lefke ve Akıncılar bölgesinde dört kanton bölge oluşturulmasını önerdi. Denktaş 'egemenlik konusu halledilmeden toprak ve harita konusunu görüşmeyeceğini' açıkladı.

BM Barış Gücü'ne ambargo

Adaya gelen AB'nin genişlemeden sorumlu üyesi Gunter Verheugen, AB'nin, Kıbrıs'ta yasal devlet olarak "Kıbrıs cumhuriyetini" tanıdığını ve Türklerle ayrı müzakerenin söz konusu olmadığını söyledi.

Dolaylı görüşmelerin ikinci turundan sonra, Annan'ın Kıbrıs Özel Temsilcisi Alvaro De Soto, Kıbrıs'ı ilk kez ziyaret etti. De Soto, Yeşil Hat'ı, Karpaz, Pile, Hala Sultan Türbesi, Apastopolos Andreas Manastırı ve Maraş'ı ziyaret ederek amaçlarının adanın bölünmüşlüğüne son vermek olduğunu söyledi.

Görüşmeler devam ederken, BM Barış Gücü (UNFICYP) ile KKTC arasındaki ilişkiler gerginleşti. BM Güvenlik Konseyi, Barış Gücü'nün görev süresini altı ay uzatan kararında sadece Rum tarafının onayını aldı. KKTC karara, UNFICYP'nin KKTC'deki faaliyetlerini kısıtlayıcı önlemler alarak karşılık verdi. Barış Gücü'ne KKTC'ye geçiş noktaları kapatılarak, sadece Ledra Palace Sınır Kapısı'ndan giriş çıkış yapılması ve KKTC'de kullanılacak BM araçlarına KKTC'de faaliyet gösteren bir sigorta şirketinden sigorta zorunluluğu getirildi.

Klerides'in istifa blöfü

5 Temmuz'da başlayan 3. tur görüşmelerinin 2. aşaması, 24 Temmuz'da Cenevre'de başladı. Rum heyeti arasında mektup krizi çıktı. Klerides, BM Özel Temsilcisi De Soto'ya mektup yazarak görüşmelerden çekileceği tehdidinde bulundu. Klerides'in istifa edeceği tehditleri yayıldı. Denktaş bunu blöf olarak değerlendirdi. New York'ta 12 Eylül'de başlayan ve 26 Eylül'de tamamlanan 4. tur dolaylı görüşmelerin başında Annan'ın Kıbrıs'taki tarafların eşitliğini vurgulaması, Rumlarda şok etkisi yaptı. Türk tarafı ise, Annan'ın açıklamasından memnun kaldı. Rum tarafı, görüşmelerden çekilmeyi tartışırken, Klerides küstü ve iki gün görüşmelere katılmadı. Rum basını, De Soto'nun taraflara toprak konusunda harita sunduğunu, haritada yüzde 28 oranındaki toprağın Türk yönetimine bırakıldığını yazdı. Rum tarafı ise KKTC'nin Karpaz bölgesinden Güzelyurt'a kadar 20'nin üzerindeki köyün Rum tarafına bırakılmasını önerdi.