Genel olarak, yargı reformlarına ilişkin gelişme sağlandı. Ancak yeni TCK'nın uygulanmasında karışık bir tablo var. Yargının bağımsızlığı daha ileriye götürülmeli
Mahkemeler, Avrupa İnsan Hakları Sözleşmesi'ni uygulamayı sürdürdüler. Ancak TCK'nın özellikle 301. maddesi şiddet içermeyen görüşlerin kısıtlanması konusunda kullanılıyor. Bir çok dava, yasal düzenlemelerin yorumlanmasında uyumsuzluk olduğunu gösterdi. Anayasa, yargının bağımsızlığını garanti ediyor. Ancak bir çok unsur, bu bağımsızlığa zarar veriyor. Hakimler ve Savcılar Adalet Bakanlığı'na bağlı ve Hakim Ve Savcılar Yüksek Kurulu'nun (HSYK) kendi bütçesi ve ayrı bir sekreteryası bulunmuyor. Savcı ve Hakimlerin performanslarını değerlendirmekle görevli müfettişleri, HSYK yerine Bakanlığa bağlılar. Kurulun oluşumu, hükümetin, yargıçların aldıkları kararları etkilemesine açık kapı bırakıyor. Şemdinli bombalamasına ilişkin Mart 2006'daki iddianame, Hakim ve Savcılar Yüksek Kurulu(HSYK)nun bağımsızlığına ilişkin soru işaretlerine neden oldu. Bu iddianame, üst düzey askeri yetkililere ilişkin suçlamaları içeriyordu. Genelkurmay başkanı bir basın açıklaması ilebu iddianameyi eleştirerek, bu konuda Anayasal sorumluluğun devreye girmesini istedi. Bunun üzerine HSYK, iddianameyi oluşturan savcıya en yüksek disiplin cezasını vererek görevinden uzaklaştırdılar. Yüksek Kurul, bu konuyu Kasım'da gözden geçirecek.
