Prototype adlı oyunda Amerika'nın New York şehrinde gerçekleştirilen tehlikeli bir deney sonrası farklı yetenekler kazanan kahramanımız Alex'le bütünleşiyoruz.
Oldukça büyük ve kalabalık bir şehir olan New York'ta deney sonrası ortaya çıkan tehlikeli virüs hızla yayılmaktadır. Şehirde kaos başlamış, yönetim kontrolden çıkmıştır. Oyunda bizim görevimiz ise, bu tehlikeli virüsü kahramanımıza enjekte edenleri bulmak, virüsün yayılmasını engelleyerek şehri bu büyük felaketten kurtarmak. New York'un geleceği adeta bizim elimizdedir, şehirde başgösterek tehlikeli yaratıkları öldürmek, virüs bulaşması muhtemel yerleri imha etmek temel görevlerimizdendir. Oyunda termal kamera kullanarak virüs bulaşmış kişileri kolaylıkla seçebiliyoruz. Bu kişiler vücudumuzda bulunan sağlık barımızın seviyesini de yükselterek kendilerini belli ediyor. New York'ta farklı bir maceraya atılmak, kaos içindeki bir şehri tehlikeli virüslerin istilasından korumak ilginizi çektiyse bu oyun tam size göre!