Başbakanlık ve Milli Savunma Bakanlığı, Yüksek Askeri Şûrâ Toplantısı'nda darbe planlarında adı geçen ve bu nedenle de terfi edilmeyen generaller ve amiralin başlattığı mahkeme sürecinde olayın peşini bırakmıyor. Bir üst rütbeye terfi alamamaları nedeniyle Askeri Yüksek İdare Mahkemesi'ne (AYİM) başvuran üç general ve amiral lehine çıkan kararın bozulması için hem Başbakanlık, hem de Milli Savunma Bakanlığı harekete geçti. Başbakanlık, AYİM'in tümgeneraller Gürbüz Kaya, Halil Helvacıoğlu ile tümamiral Abdullah Gavremoğlu hakkında 'bir üst rütbeye terfi ettirilmeme işleminin iptali' istemini yerinde bulduğu kararına itiraz etti, kararın düzeltilmesini istedi. Başbakanlık AYİM'e başvurarak kararın düzeltilmesini talep etti. Başbakanlığın yanısıra Milli Savunma Bakanlığı da kendisine bağlı olan tümgeneral Kaya ile tuğamiral Gavremoğlu hakkında aynı taleple mahkemeye başvurdu.
Üç general ve amiral, 'Yüksek Askeri Şûrâ'nın 1-4 Ağustos 2010 tarihlerinde yaptığı toplantıda alınan terfi kararının kendileri yönünden uygulanmaması işleminin iptali' için dava açmıştı. Davanın 24 Aralık 2010'da yapılan duruşmasında oybirliğiyle işlemin iptaline karar verilmişti. AYİM, kamuoyu vicdanında olumlu karşılanmayan bir karara imza atmış ve açığa alınmış olan bu komutanlar hakkında üst rütbeye terfi konusunda bir sorun teşkili olmadığına ve engel bulunmadığına hükmetmişti. Üç komutanın terfi alamamalarıyla ilgili mahkeme sürecinin yanısıra bir de açığa alınmalarıyla ilgili mahkeme süreci devam ediyor.