Uluslararası Af Örgütünün 2009 yılı raporunda, Adalet Bakanlığı'nın işkence sonucu ölen Engin Çeber'in ailesinden özür dilemesi diğer ülkelere örnek gösterildi. Af Örgütünün 405 sayfalık raporu, Londra'da düzenlenen toplantıyla açıklandı. Raporun 3,5 sayfa ayrılan Türkiye bölümünde, karakolda ve cezaevinde yapılan işkence nedeniyle öldüğü iddia edilen Engin Çeber'e değinilerek dönemin Adalet Bakanı M. Ali Şahin'in Çeber'in ailesinden özür dileyerek bir ilke imza attığı ifade edildi. Bu adımın diğer ülkelerce örnek alınması gerektiği belirtilen raporda ayrıca, Anayasa Mahkemesinin üniversitelerde başörtüsünün serbest bırakılmasını öngören Anayasa değişikliğini iptal etmesi de eleştirildi. Raporda, "Bu karar, başkalarının insan haklarına dayanan din ve inanç özgürlüğünün sınırlanma ihtiyacını yeterince açıklayamamıştır" denildi. Raporda, Ergenekon davası için de "çığır açan soruşturma' ifadesi kullanıldı.
