12. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından kabul edilen Kafes Eylem Planı'na ilişkin iddianameye göre tutuksuz sanıklardan tersane işçisi Tanju Veli Aydın'ın soruşturmayı sulandırmak için "Gizli tanık" olmak istediği ortaya çıktı. Kafes davası iddianamesinde tersane işçisi Tanju Veli Aydın ile ilgili şu ifadeler yer alıyor: "Soruşturmanın devam ettiği aşamada şüpheli Erdek Başsavcılığı aracılığı ile gönderdiği dilekçesinde soruşturma kapsamında gizli tanık olmak istediğini beyan etmiş, şüpheli ile yapılan görüşmede verdiği bilgilerin 'Kafes Operasyonu Eylem Planı' soruşturması ile ilgisinin bulunmadığı, verdiği bilgilerin kendisi hakkında soruşturma yapan ve işine son veren amirleri ile ilgili olduğu anlaşılmış, bu sebeplerle şüpheli Tanju Veli Aydın'ın ek beyanı alınmamıştır."
Tokat-Almuslu bir ailenin çocuğu olan Tanju Veli Aydın, arkadaşlarının iddiasına göre 28 Şubat sürecinin başladığı 1997 yılına kadar son derece sıradan bir hayat yaşadı. Refah-Yol Hükümeti kurulduğu dönemde ise istihbarat subayları ile yakın temasa geçen Aydın, iddiaya göre 28 Şubat döneminde 'muhafazakar' TSK personelini Cübbeli Hoca'nın vaazlarına gitmeye teşvik etti. Ardından vaaz dinlerken çekilen fotoğraflarını bir müddet sonra birlik komutanlarına ulaştırdı. Bu dönemde paralandığı belirtilen Aydın'dan Ergenekon davası tutuklu sanığı Levent Bektaş'ta ele geçirilen bir belgede de "T.Veli'nin son durumu? Bu mesele biran önce netleşsin" şeklinde bahsediliyor. Aydın'dan aynı DVD'de "Deniz Kuvvetleri'ndeki organize örgüt elemanları ve irtibatları" başlığı altında da bahsediliyor.
Kafes Eylem Planı iddianamesinde, soruşturmayı yürüten Cumhuriyet Savcılarının değerlendirmelerinde, daha önce Poyrazköy'deki muvazzaf sanıklara yönelik Gölcük Donanmasında yapılan arama ve el koyma işlemlerinde yaşanan engellemelerin, sanıklara yönelik arama ve delil toplanmayı da engellediği belirtiliyor. Yapılan değerlendirmede, Poyrazköy soruşturmasındaki şüphelilerin Askeri makamlarında yapılan aramalarda ele geçirilen hard disklerin ve diğer dijital delillerin asıllarının ve imajlarının hala Cumhuriyet Savcılarına teslim edilmediği için Kafes iddianamesindeki sanıkların da askeri mahaldeki adreslerinde arama yapılamadığı ifade ediliyor. Ayrıca değerlendirmede daha önceki aramalarda yaşanan sıkıntılara da dikkat çekiliyor.
