AK Parti'nin 2002'de iktidara gelmesiyle hazırlanan darbe planları bir bir ortaya çıkarılıyor. Ergenekon soruşturmasıyla yargıya taşınan 'Sarıkız', 'Ayışığı', 'Yakamoz' ve 'Eldiven'den sonra Albay Çiçek imzalı 'Darbe Andıcı' ortaya çıktı. Poyrazköy soruşturmasıyla azınlıklara saldırılarla kaosu hedefleyen 'Kafes Eylem Planı' deşifre edildi. En son 'Balyoz Darbe' planı gündeme bomba gibi düştü. Soruşturmalarda 34'ü general, 138 asker şüpheli ya da sanık oldu.
Emekli Deniz Kuvvetleri Komutanı Orgeneral Özden Örnek'in günlükleriyle ortaya çıkan ve başını emekli Jandarma Komutanı Orgeneral Şener Eruygur'un çektiği 'Sarıkız', 'Ayışığı', 'Yakamoz' ve 'Eldiven' darbe planlarıyla ilgili Ergenekon soruşturmasında 23'ü muvazzaf 47 subay şüpheli sıfatıyla gözaltına alındı. Ergenekon soruşturması kapsamında 1 Temmuz 2008 günü gözaltına alınan eski Jandarma Komutanı Orgeneral Şener Eruygur ile eski 1. Ordu Komutanı Orgeneral Hurşit Tolon tutuklandı. Aynı operasyonda eski MGK Genel Sekreteri Tuncer Kılınç, eski Harp Akademisi Komutanı Orgeneral Kemal Yavuz da gözaltına alındı.
Danıştay saldırısını azmettirmekle suçlanan tetikçi Alparslan Arslan'ın şirketinin avukatlığını yaptığı Yüzbaşı Muzaffer Tekin de Ergenekon kapsamında tutuklandı. Soruşturmada şüpheli sıfatıyla sorgulanan ve birçoğu tutuklu yargılanan diğer emekli/muvazzaf askerler ise şöyle: Yarbay Mustafa Dönmez, Binbaşı Fikret Emek, Yüzbaşı Mehmet Zekeriya Öztürk, Yüzbaşı Gazi Güder, Astsubay Oktay Yıldırım, Mahmut Öztürk, Orhan Tunç ve emekli Uzman Çavuş Muhammet Yüce, Albay Cengiz Köylü, Yarbay Mustafa Koç, Binbaşı Erbay Ç, Yüzbaşı Muhammed Sarıkaya, Üst teğmen Taylan Özgür Kırmızı, Üsteğmen E.E, Teğmen M. Ali Çelebi, Teğmen Eren Mumcu, Teğmen Noyan Çalıkuşu, Teğmen Hasan Hüseyin Uçar, Teğmen Cihan Arık, Teğmen Onur Özdemir, Teğmen Emre Baltac, Astsubay O.E. ve askeri öğrenci Yaşar Tozkoparan.
Ergenekon kapsamında tutuklanan emekli Üsteğmen Avukat Serdar Öztürk'ün ofisinde bulunan 'İrticayla Mücadele Eylem Planı'nın fotokopisi yeni bir darbe planı soruşturmasının startını verdi. 'AK Parti ve Fethullah Gülen'i Bitirme' başlıklı Nisan 2009 tarihli belgede, cemaatlere komplo kurularak, hükümetin yıkılması öngörülüyordu. Planda ıslak imzası bulunan Deniz Kurmay Albay Dursun Çiçek, Ergenekon kapsamında 1 Temmuz 2009'da 'silahlı terör örgütü üyeliği' suçundan tutuklandı. Avukatının tutukluluğa itiraz etmesi üzerine 'belgenin fotokopi olması' gerekçesiyle tahliye edildi. Ekim 2009'da bu kez belgenin ıslak imzalı orijinal nüshasında imzanın Çiçek'e ait olduğu tespit edildi. İkinci kez tutuklanan Çiçek, itiraz üzerine yeniden serbest kaldı.
Ergenekon kapsamında tutuklanan emekli Albay Mustafa Levent Göktaş'ta ele geçirilen ve azınlıkara yönelik kanlı eylemlerle darbeye zemin hazırlamayı öngören 'Kafes Eylem Planı' ise yeni bir darbe soruşturmasını başlattı. Poyrazköy'deki mühimmatın Göktaş'a bağlı ekip tarafından gömüldüğü tespit edildi. Soruşturmada 12 kişi tutuklandı.
Ergenekon'un karakutusu olarak nitelendirilen Jandarma İstihbarat Dairesi eski Başkanı Emekli Tuğgeneral Levent Ersöz, Ergenekon soruşturmasının 6. dalga operasyonunda gözaltına alınacağını öğrenince Rusya'ya kaçtı. Ameliyat için geldiği Ankara'da yakalanan, görevliyken Eruygur'un sağ kolu Ersöz'ün evinde 2 bin 500 telefon dinleme kaydı ele geçirildi.
Ergenekon'da gözaltına alınan Genelkurmay Adli Müfettişi emekli Tümgeneral Erdal Şenel, savcılar tarafından sorgulandı. Mahkemece hakkında yurtdışına çıkış yasağı konularak serbest bırakılan Şenel'e polisteki sorgusunda, bir telefon görüşmesinde söylediği 'Yapılan soruşturma bir rövanş' sözlerinin sorulması üzerine “Sözün gelişi söyledim. Kaldı ki o sıralar Ergenekon'un ne olduğunu bilmiyordum. Emniyette gösterilen belgelerden Ergenekon'un çok ciddi ve derin bir yapılanma olduğunu fark ettim ve ürperdim” dedi.
Ergenekon'da gözaltına alınan en önemli isimlerden biri JİTEM kurucusu emekli Tuğgeneral Veli Küçük oldu. 1. Ergenekon iddianamesinde 'Darbe teşebüsünü'nün de aralarında bulunduğu 17 suçtan yargılanan Küçük'ün Susurluk kazası sonrası Abdullah Çatlı, Yeşil kod adlı Mahmut Yıldırım ve Hadi Özcan'la ilişkisi olduğu ortaya çıkmış, konuyla ilgili kurulan Meclis Komisyonu'na ifade vermeye gitmemişti. Emekli Albay İlyas Çınar, JİTEM kurucularından emekli Albay Arif Doğan, Jandarma eski Teknik İstihbarat Daire Başkanı emekli Albay Hasan Atilla Uğur, emekli Albay Tanju Güvendiren ve emekli Albay Hüseyin Vural, Ergenekon soruşturmasında gözaltına alınan önemli isimler oldu. Dikkat çeken isimlerden biri de 'Silah üzerine ölme ve öldürme yemini' ettiren Albay Fikret Karadağ.