Ergenekon davasının tutuklu sanığı Albay Cengiz Köylü, Balyoz darbe planı soruşturması kapsamında tutuklandı. İşçi Partisi'nin TSK içindeki örgütlenmesi olarak bilinen 'Karargah Evleri' yapılanmasının başında bulunduğu ileri sürülen Albay Cengiz Köylü, tutuklu bulunduğu Hasdal Askeri Cezaevi'nden jandarma aracıyla Beşiktaş'taki İstanbul Adliyesi'ne getirilerek Balyoz soruşturmasını yürüten savcılardan Mehmet Berk tarafından sorgulandı. Savcı Berk, daha önce de Balyoz kapsamında ifade 5 saat ifadesi alındıktan sonra serbest bırakılan Köylü'yü 'Cebir ve şiddet kullanarak hükümeti ortadan kaldırmaya teşebbüs' 'silahlı örgüt üyeliği' suçlamasıyla tutuklama talebiyle 13. Ağır Ceza Mahkemesi'ne sevk etti. Mahkeme ise Köylü'yü Balyoz soruşturma kapsamında da tutuklayarak cezaevine gönderdi. Köylü, İşçi Partisi'nde ele geçirilen 'Karargah Evleri' şemasında yapılanmanın başındaki kişi olarak yeralıyordu.
Köylü, Balyoz'un, Yunanistan'la havada gerginlik çıkarıp, sıkı yönetim ilan edilmesini öngören ORAJ adlı planı hazırlamakla suçlanmıştı. TÜBİTAK ve Emniyet Kriminal Laboratuvarı'nda incelenen 11 numaralı CD'nin içerisindeki Oraj Hava Hareket Planı isimli klasörde bulunan word dosyalarının 24 Ocak 2003'te “Ckoylu” isimli kullanıcı tarafından hazırlandığı tespit edilmişti. Köylü, ilk sorgusunda iddiayı reddetmişti.