Komutanların 2004-2006 arasındaki darbe hazırlıklarını anlatan savcı, iddianamede, eski Deniz Kuvvetleri Komutanı Özden Örnek'in günlüklerine de atıfta bulundu. Dönemin Jandarma Genel Komutanı Mehmet Şener Eruygur'un darbeyi daha sağlıklı gerçekleştirebilmek amacıyla Kara Kuvvetleri Komutanı olmak istediği, normal hiyerarşi içerisinde Kara Kuvvetleri Komutanlığına gelecek olan Yaşar Büyükanıt'ın önünü kesmek için yıpratmaya ve sindirmeye yönelik ciddi çalışmalar yaptırdığı ileri sürüldü. İddianamede, Özden Örnek'e ait günlüklerde “10 Ekim 2004' tarihli yazıda “Jandarma Genel Komutanı Orgeneral Şener Eruygur'un bir şeyler karıştırıp durduğunu anlatan Aytaç Paşa'nın neler söylemek istediğini şimdi daha iyi anladım. Yaşar'ı zehirlemeye kadar varan planlar hazırlanmış' ifadelerinin bulunduğu bildirildi. İddianamade, yine Örnek'in günlüklerinden kuvvet komutanlarının sık sık açıklamalar yapmaları ve özellikle harp Okullarının açılış törenlerinde mesajlar verilmesinin planladığının görüldüğü kaydedildi.
