BOTAŞ soruşturmasını yürüten Ankara Cumhuriyet Savcısı Ayhan Şan, davada bilirkişi olarak görevlendirdiği Erdoğan'ın, dava ile ilgili olarak Cumhuriyet Halk Partisi'ne (CHP) mütalaa verdiğini tespit etti. Savcı Şan, bilirkişi Erdoğan'ın bazı özel televizyon kanallarında da soruşturmaya ilişkin bilgi vermesi üzerinde suç duyurusunda bulundu.
BOTAŞ'ta başlattığı soruşturma ile kamuoyu gündemine gelen Ankara Cumhuriyet Savcısı Ayhan Şan, BOTAŞ davasında yargılanan sanıkların ihbarı üzerine Erdoğan hakkında inceleme başlattı. Savcı Şan, bilirkişilik yaptığı davaya ilişkin CHP'ye mütalaa verdiği belgelerle tespit edilen Erdoğan hakkında bilirkişilik görevini kötüye kullandığı, tarafsızlığına gölge düşürdüğü iddiasıyla suç duyurusunda bulundu.
Savcı Şan, BOTAŞ'ın eski Yönetim Kurulu Başkanı Mehmet Takiyüddin Bilgiç ile üç eski yönetim kurulu üyesi hakkında 'görevi kötüye kullanma' suçundan 1'er yıldan 3'er yıla kadar hapis istemiyle dava açmıştı. Şan, iddianamede, Mavi Akım Sözleşmesi çerçevesinde, BOTAŞ, Gazprom ve Gaz Export'un, 5 Kasım 2003 tarihinde anlaşmanın 'fiyat yapısı ile al ya da öde miktarlarında' revizyon yapma konusunda anlaştıkları, 19 Kasım 2003 tarihinde de sözleşmenin fiyat formülü ile bir kısım maddelerinde değişikliğe gidildiğini kaydetmişti.
CHP'nin avukatı Erbaşar Özsoy, Mavi Akım Anlaşması'ndaki fiyat değişikliği nedeniyle Hazine'nin zarara uğratıldığı iddiasıyla, Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı'na suç duyurusunda bulunmuştu. Enerji ve Tabii Kaynaklar Bakanlığı'nın BOTAŞ yönetimi hakkında soruşturmaya izin vermemesi üzerine, Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı takipsizlik kararı vermişti. CHP'nin itirazı üzerine Ankara Bölge İdare Mahkemesi, BOTAŞ yetkilileri hakkında soruşturma izni verilmemesine ilişkin kararı, 9 Mart 2006 tarihinde oybirliğiyle kaldırmıştı.
