Amirallere suikast soruşturması iddianamesinde Deniz Kuvvetleri'ndeki "Karargah Evleri Örgütü"nün yapılanması ve faaliyetlerini gösteren şemada, "Proje Planlayıcısı" olarak talimatların Silivri'den Doğu Perinçek tarafından verildiği ortaya çıktı. "Proje Planlayıcısı" ile "Projeyi Gerçekleştirecek Karargah"ın irtibatını ise "Köprü Elemanı" sıfatıyla "Kurye Ali Tatar"ın sağladığı belirtildi. Oluşturulacak projeler, üst kurul onayından sonra üç aşamalı emir komuta zinciri şeklinde hayata geçiriliyor.
İddianameye göre Şener Eruygur'un da katıldığı toplantıda Silivri'nin önemli geleceğine ilişkin değerlendirmelere yer verildi. "Acil Önlemler" olarak "Silivri'nin geleceği komutanlıkça görevlendirilen birimlere verilen emir ve faaliyetlerin başarıya ulaşmasına bağlıdır" denilerek planların başarılı bir şekilde hayata geçirilmesi istendi.
Şüpheliler Alperen Erdoğan, Burak Düzalan, Yakut Aksoy ve Tarık Ayabakan tarafından kullanılan Kocaeli'ndeki "Örgüt Evi"nde Flash Bellekteki ERUYGUR.DOC isimli Word belgesinde, "Eruygur Paşa ile Eğitim Komutanlığı'nda yapılan toplantıda Karargahımızı ilgilendiren emirler" adlı dosya bulundu. İddianameye göre; "Durum değerlendirmesi", "Acil önlemler", "Problemler", "Emir komuta" konularının görüşüldüğü belirtilen toplantıya, Şener Eruygur, K.S., F.I., Levent Görgeç, L.E., D.C., T.E.'nin katıldığı kaydedildi. Ergenekon davasının, "Türk Silahlı Kuvvetlerine sızma yapılanmasına" çok büyük zarar verdiği belirtilen söz konusu toplantıda "Durum değerlendirmesi" şöyle özetlendi: "Devam eden dava yapılarımıza önü alınamaz zararlar vermektedir. Birimlerimize dönük saldırılar Silivri'yi her geçen gün daha zor duruma sokmaktadır."
İddianamede, "örgütün" önemli bir problem olarak gördüğü "çözülme" konusunda da atılması gereken adımları belirlediği ortaya çıktı. Savcılara göre; Deniz Kuvvetlerindeki Karargah Evleri'nin örgütsel yapılanması ve örgütsel faaliyetlerinin görüşüldüğü ve Ergenekon Sanığı Eruygur'un katıldığı öne sürülen toplantıda, "Problemler" başlığı altında şu değerlendirmelere yer verildi: "Güvenlik sorunları en önemli problem olarak karşımıza çıkmaktadır. Çözülmelerin olmaması için emir-komuta zinciri önem arzetmektedir."
