Deniz Kuvvetleri eski Komutanı Özden Örnek'e ait olduğu mahkeme kararıyla kesinleşen darbe günlükleri de Ergenekon'a girdi. Günlüklerde anlatılan dönemin Jandarma Genel Komutanı Şener Eruygur'un 'Sarıkız', 'Ayışığı' 'Eldiven' darbe planlarına 2. iddianamede yerverildi. Eruygur'un ihtilal fişlemeleri de iddianame eklerinde.
Ergenekon davasına bakan 13. Ağır Ceza Mahkemesi'ne teslim edilen ikinci iddianamenin ayrıntıları belli oluyor. İddianamenin 3. bölümünde Deniz Kuvvetleri eski Komutanı emekli Oramiral Özden Örnek'in bilgisayarından çıktığı tespit edilen 'darbe günlükleri'ne de yer verildiği öğrenildi. Darbe günlüklerinde 'Sarıkız', 'Ayışığı' ve 'Eldiven' darbelerini planladığı anlatılan dönemin Jandarma Genel Komutanı Orgeneral Şener Eruygur ve 1. Ordu Komutanı Hurşit Tolon, iddianamede 'darbeye teşebbüs'le suçlanıyor.
Nokta Dergisi tarafından yayınlanan darbe günlüklerinde emekli Oramiral Örnek, 24 Nisan 2004'te Kıbrıs'ta yapılan referandum öncesi, dört kuvvet komutanının, dönemin Genelkurmay Başkanı Org. Hilmi Özkök'e rağmen, darbe yapma planını anlatıyor. Örnek ile dönemin Kara Kuvvetleri Komutanı Aytaç Yalman, Hava Kuvvetleri Komutanı İbrahim Fırtına ve Şener Eruygur tarafından hazırlanan "Sarıkız" kod adlı darbe planının, Özkök'ün karşı tutumu, diğer bazı üst rütbeli subayların isteksizliği ve ABD'nin tavrı nedeniyle vazgeçildiği; Eruygur'un bunun üzerine tek başına "Ayışığı" kod adlı bir darbe planı yaptığı anlatıyor.
Örnek günlüklerin kendisine ait olmadığını söylemişti. Ancak günlükleri yayınlayan gazeteci Alper Görmüş aleyhine açılan davada günlüklerin Örnek'in bilgisayarından çıktığı kesinlik kazanmıştı. İkinci iddianamede ayrıca Ergenekon'la bağlantısı üzerinde durulan PKK ve Hizbullah'ın ardından Hizbut Tahrir örgütüne de yer verildiği ileri sürüldü.
İddianemede Rıfat Yıldırım, Kurtca Bektaş, Rıza Demir, Mahmut Oğuz ve Mahmut Oğuz Kazancı'nın Hizbut Tahrir üyesi oldukları ve dosyalarının ayrıldığı belirtildi. İddianamede şüpheli Teğmen Mehmet Ali Çelebi'nin Hizbut Tahrir üyesi olduğu, Süleyman Solmaz tarafından Ergenekon'a kazandırdığı, Hizbut Tahrir'e sızılması için ikna ettiği öne sürüldü. Çelebi'nin Ergenekon'un "naylon terör örgütleri kurma, mevcut terör örgütlerine sızma, kontrol altında tutma" amaçları doğrultusunda Hizbut Tahrir örgütüne sızdığı da ileri sürüldü.
İddianamenin eklerinde Ergenekon'un üst düzey yöneticileri arasında yer alan Eruygur'un Sıhhıye Orduevi'ndeki ofisinde ele geçirilen ihtilal hazırlıklarının yer aldığı belgelerin de yeraldığı öğrenildi. Belgelerde Ergenekon'un Genelkurmay Karargahı'nda görev yapan generallerin "İhtilale karşı çıkar, ihtilale destek verir" şeklinde fişlediği tespit edildi.