2006-2007 sezonunun ilk yarı maçları sonunda, Trabzonspor'da en çok forma giyen oyuncu Gökdeniz Karadeniz oldu. Milli oyuncu 23 resmi müsabakada forma giyerek bin 954 dakika sahada kaldı ve takımın en istikrarlı oyuncusu oldu. 2005-06 sezonunda yaşadığı bahis skandalıyla zor günler geçiren Gökdeniz, sezon başından bu yana gösterdiği performansla eski günlerine dönmenin sinyalini verdi. Özellikle Beşiktaş, Osasuna ve G.Saray maçlarında üst düzey performans gösteren Gökdeniz, bu sezonun ilk yarısında takımın en istikrarlı oyuncusu olma başarısı gösterdi. Gökdeniz bu sezon bordo-mavili takımın ligde, oynadığı 23 resmi müsabakanın hepsinde görev aldı ve 6 gol atma başarısı gösterdi.