1960 darbesinin mimarlarının tüm kurumları kontrol atında tutmak için adeta alternatif bir hükümet sistemi kurdukları ortaya çıktı. Savunma Sekreterliği adı verilen sistemle, Başbakanlık'tan bakanlıklara, valiliklerden üniversitelere kadar bütün devlet kurumlarına MGK'nın emrinde birer subay yerleştirilmiş.
27 Mayıs darbecilerinin oluşturduğu Savunma Sekreterliği teşkilatı, derin devleti gözler önüne seriyor. 108 sayılı kanuna göre oluşturulan teşkilatla Milli Güvenlik Sekreterliği'nin emrinde yüzlerce subay, sivil memur statüsünde devletin bütün kurumlarında görevlendirildi. Darbenin kudretli albayı Alpaslan Türkeş'in teklifiyle Milli Birlik Komitesi'nde kabul edilen yasaya göre, Topyekun Savunma ve Milli Seferberlik hizmetlerini Milli Güvenlik amaçlarına uygun bir şekilde planlamak ve yürütmek üzere genel bütçeye dahil dairelerle, katma bütçeli idareler ve Devlet Ekonomi Kurumları ve bunlara bağlı kurumlarda savunma sekreterlikleri kurulması kararlaştırılır.
Türkeş'in teklifini değerlendiren Güvenlik Konseyi, Savunma Sekreterliği teşkilatının görev ve yetkilerinin yasada açıkça belirtilmesine karşı çıkarak, faaliyetlerin gizli yönetmelikle yapılmasını ister. 1960'tan 2009 yılına kadar yürürlükte olan ve zaman zaman değiştirilen gizli yönetmelik, adeta alternatif bir hükümet modelini içeriyor. İşte “Derin devlet var mı?” sorusuna cevap olabilecek nitelikteki Savunma Sekreterliği teşkilatının yapısı ve çalışma usulleri:
Sadece emekli, istifa etmiş veya izinli subayların savunma sekreteri olabildiği sisteme göre, savunma sekreterini MGK atıyor ve ancak MGK'nın izniyle görevden alınabiliyor. Başbakan ve herhangi bir bakanlığın kendi kurumundaki savunma sekreterini görevden alma yetkisi yok. MGK, kanunda belirtilen kurumlar dışında istediği kurumlarda Savunma Sekreterliği oluşturulmasına karar veriyor.
Personel Seferberlik Şube Müdürlüğü, Lojistik Seferberlik Şube Müdürlüğü, Koruyucu Güvenlik Şube Müdürlüğü, Sivil Savunma Şube Müdürlüğü ve İdari İşler Şefliği birimlerinden oluşan Savunma Sekreterliği'nin en önemli görevleri arasında istihbarat toplamak yer alıyor. Savunma sekreteri, görev yaptığı il veya kurumda istediği kamu görevlisinin emrine verilmesi yetkisine sahip. Ayrıca sınırsız personel isteme yetkisi de var. Bütün resmi ve özel kuruluşlar, savunma sekreterlerinin işbirliği ve yardım isteklerini yerine getirmek ve her türlü istatistiki veri ve diğer bilgileri vermekle yükümlü.
Savunma sekreteri görev yaptığı makamın yardımcısı konumundadır. Gizli yönetmeliğin 22. maddesinde “Savunma sekreterleri bağlı bulundukları makamın yardımcıları, savunma uzmanları da o kurumda bulunan şube müdürleri ve şube müdürlüğüne eş düzeydeki birimlerin amirleri seviyesinde olup, aynı hak yetki ve özlük haklarına sahiptirler” hükmü yer alıyor. Bu hükme göre, Başbakanlıktaki savunma sekreteri, başbakan yardımcısı; bakanlıklardaki savunma sekreterleri, müsteşar; valiliklerdeki savunma sekre-terleri, vali yardımcısı; üniversitelerdeki savunma sekreterleri ise, rektör yardımcısı konumundadır.
Savunma Sekreterliği teşkilatını ortadan kaldırma girişimi ilk olarak 2004 yılında gerçekleşti. Hükümet hazırladığı Kamu Yönetimi Temel Kanunu ile Savunma Sekreterliği oluşturulmasını öngören 108 sayılı yasayı kaldırmak istedi. Ancak yasa, dönemin Cumhurbaşkanı A. Necdet Sezer tarafından veto edildi. Savunma Sekreterliği teşkilatı, 2009 yılında çıkarılan Afet ve Acil Durum Yönetimi Başkanlığının Teşkilat ve Görevleri Hakkında Kanun ile kaldırıldı. Kanunun 25. Maddesi ile 108 sayılı kanun yürürlükten kaldırıldı.
