Ergenekon'da gözaltına alınan paşaların tedavi süreçleri ise tam bir muamma. Org. Eruygur, 'şifa ile taburcu' edilirken, Org. Tolon'a asprin dışında ilaç reçete edilmedi. Ergenekon'un derin kulağı Tuğ. Ersöz'ün tedavisi ise halen sürüyor
Ergenekon davası kapsamında gözaltına alınan paşaların sağlık durumları tartışılmaya devam ederken, sanıkların tedavileri ile ilgili ayrıntılar da yavaş yavaş aydınlanmaya başladı. Sanıkların, Sağlık Bakanlığı ve tıp fakültelerine bağlı hastanelerdeki işlemleri belli olurken, Gülhane Askeri Tıp Akademisi'ndeki (GATA) tedavi süreçleri hala "sır" gibi gizleniyor.
Eski Jandarma Genel Komutanı emekli Orgeneral Şener Eruygur'un gözaltına alındıktan 2 ay sonra dengesini kaybedip merdivenden düşüp kafasını beton zemine çarptığı ileri sürülmüştü. Kocaeli Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesine kaldırılan Eruygur 6 gün yoğun bakım ünitesinde tedavi gördü. Eruygur'a bu süre içinde 80 sağlık işlemi yapıldı.Eruygur'a yapılan tüm bu işlemler için devlet 43 bin lira ödedi. Eruygur 15 Ocak 2009'da "Şifa ile taburcu" edilmesine rağmen, Haydarpaşa GATA'da tedavi gördü. Eruygur, haftada iki gün tedaviye gelmek kaydıyla evine gönderildi.
Emekli Org. Hurşit Tolon'a ayaktan 48 işlem yapıldı. Gözaltına alındıktan sonra aynı koğuşta kaldığı Şener Eruygur'un hastaneye kaldırılmasından bir hafta sonra rahatsızlandı ve Kocaeli Devlet Hastanesi'ne kaldırıldı. Üroloji, genel cerrahi ve kardiyoloji servislerinde işlem yapılan Tolon, aynı gün taburcu edildi ve Cezaevine gönderildi. Bu üç serviste 48 işlem yapılan Tolon'un tedavi masrafı 269 lira oldu. 48 işlem yapılan Tolon için tedavi sonrasında koroner arter hastalığı bulguları için aspirin dışında başka bir ilaç reçete edilmedi. Ergenekon'un "karakutusu" Jandarma İstihbarat Başkanı Tuğgeneral Levent Ersöz'ün ise GATA'da vücuduna et yiyen virüs enjekte edildiği öne sürülmüştü. Ersöz, halen İstanbul Üniversitesi Hastanesi'nde tedavi görüyor.