İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'nın hazırladığı Ergenekon davasının ikinci iddianamesinde, Ergenekon örgütünün Recep Tayip Erdoğan, Abdülkadir Aksu, Milli Eğitim Bakanı Hüseyin Çelik'in soyağaçlarını çıkararak fişlediği ortaya çıktı. İddianamede emekli Orgeneral Hurşit Tolon ve emekli Orgeneral Şener Eruygur'un özellikle Milli Eğitim Bakanı Hüseyin Çelik ile ilgili verileri topladığı belirlendi. Tolon'dan ele geçirilen dijital verilerde, "Kültür Bakanı Hüseyin Çelik.doc" isimli bir MSword dosyası olduğu ve bu dosyalar içerisinde Milli Eğitim Bakanı Hüseyin Çelik'in kimlik bilgilerinin yanı sıra siyasi ve dini görüşlerine göre kişisel bilgilerin kaydedildiği belirtildi. Şener Eruygur'da bulunan 2 sayfalık "Türkiye Cumhuriyeti Milli Eğitim Bakanı Hüseyin Çelik" başlıklı internet çıktısında da Hüseyin Çelik ile ilgili olarak "Van'lı olan Hüseyin Çelik Kürt-Arap melezidir. Kürtçe şarkılarla eğitim-öğretim sezonu açılışı yapılması ilk kez Hüseyin Çelik 'in döneminde görülmüştür. Türkiye sadece Türklere mi ait- iddiasını ortaya attı" denildi.
