Heyet, sanık Aksoy'un FETÖ'deki konumu, örgüte olan bağlılığı, olayın özelliği, suç konusunun önem ve değeriyle suçla oluşan zararın ağırlığını dikkate alarak, sanık Aksoy'a ''silahlı terör örgütüne üye olmak'' suçundan önce 7 yıl hapis cezası verdi. Heyet, sanığın eyleminin terör suçu olması sebebiyle verilen cezanın 10 yıl 6 aya çıkarılmasını kararlaştırdı. Sanık Aksoy'un fiilden sonraki ve yargılama sürecindeki savunmaları ile pişmanlık gösterir bir tavır sergilemediğini dikkate alarak cezasından bir indirim yapmayan mahkeme heyeti, sanığa verilen ceza süresini dikkate alarak tutukluluk halinin de devamına hükmetti.
İddianamede, 17-25 Aralık olaylarından sonra 22 Ocak 2014'te, FETÖ elebaşı Fetullah Gülen hakkında yapılan şikayet sonrasında Malatya Cumhuriyet Başsavcılığınca başlatılan soruşturmada, meslekten ihraç edilen ve FETÖ'den yargılanan Ş.G. tarafından takipsizlik kararı verildiği belirtilerek, bu kararın yetkisi olmadığı halde yine meslekten ihraç edilen sanık İsmail Aksoy tarafından UYAP'tan "görüldü" işlemi yapılarak onaylandığı vurgulanarak, ''Bu şekilde eski savcılar Ş.G. ve İsmail Aksoy'un görevlerini kötüye kullanarak Fetullah Gülen'i, hakkındaki iddialara ilişkin olarak yargı marifetiyle akladıkları anlaşılmıştır.'' denilmişti.
İddianamede, sanık Aksoy'un Malatya'da özel yetkili cumhuriyet savcısı olarak, Ergenekon soruşturmasına dahil edilen ''Zirve Yayınevi'' davasının soruşturmasını yürüterek ek iddianame düzenlediği belirtilerek, ''Fetullah Gülen'in talimatları doğrultusunda ve tam bir itaatle 'yargının kararı' veya 'takdiri' kılıfı altında söz konusu soruşturmanın tüm aşamalarında örgütsel amaç doğrultusunda hareket ettiği, süreçte birçok hukuksuzluğa imza attığı, birçok kişinin mağduriyetine sebebiyet verdiği'' kaydedilmişti.
Sanık Aksoy'un FETÖ'ün adeta silah olarak kullandığı yargı yapılanmasının en mahrem sınıfı olan özel yetkili (kapatılan) cumhuriyet savcısı olarak yerleştirildiği anlatılan iddianamede, sanığın görev yaptığı soruşturmalarla ilgili ''sivil abi'' olduğu tespit edilen İlyas kod aldı örgüt mensubu marifetiyle FETÖ'ye bilgi aktardığı da vurgulanmıştı. 2014'teki HSYK seçimlerinde örgüt adayları için çalıştığı da kaydedilen Aksoy'un, savcılık ve hakimlikteki ifadelerinde ise hakkındaki tüm suçlamaları inkar ettiği belirtilmişti.
Sanığa ilk yargılamada yerel mahkemece verilen 10 yıl 6 aylık hapis cezası, İstinaf mahkemesince usulen bozulmuş ve dosya mahkemeye geri gönderilmişti.