İstanbul'da aralarında Arif Erdem, Uğur Tütüneker ve İsmail Demiriz hakkında 'Silahlı terör örgütüne üye olmak' suçundan yürütülen soruşturmada şüpheli olarak yer alan Hakan Şükür'ün dosyası ayrılarak Sakarya Cumhuriyet Başsavcılığı'na gönderildi. Hakan Şükür hakkında 27 Temmuz 2014 tarihinde Emniyet içerisindeki cemaat yapılanmasına ilişkin yürütülen soruşturma kapsamında, adliyeye sevk edilen polisleri İstanbul Adalet Sarayı'nın nezarethanesinde ziyaret ettiği için başlatılan soruşturma dosyası da Sakarya Cumhuriyet Başsavcılığı'na gönderildi.
Ayrıca Sakarya Cumhuriyet Başsavcılığı'nın Hakan Şükür ile babası Selmet Şükür'ün terör örgütüne finansal destek sağladığı gerekçesiyle haklarında açılan 3'ncü bir soruşturma da bulunuyor. Bu üç ayrı dosyanın birleştirilerek Hakan Şükür hakkında Sakarya 2'nci Ağır Ceza Mahkemesi'nde dava açılacağı öğrenildi
